В отличие от ряда современников Гаспаро Контарини в трактате представлял идеального епископа не как одухотворённого аскета или искусного политика, но как руководителя-практика, отдающего все силы служению пастве, который стремится к достижению интеллектуальной и нравственной гармонии как в собственной внутренней жизни, так во всём многообразии внешней деятельности. Повторяя многие общие места аналогичных по тематике трактатов, пользовавшихся популярностью среди итальянских христианских гуманистов, при описании многих черт идеального христианского епископа Гаспаро Контарини ориентировался также на реальное историческое лицо – Пьетро Бароцци (1441–1507 гг.), который был епископом Падуи в годы обучения Гаспаро Контарини в университете. Свидетельством философской самостоятельности Гаспаро Контарини и сознательного выбора им в области схоластической теологии позиции христианского консерватизма, предполагавшего отвержение наиболее радикальных аверроистских идей, стала его открытая полемика с П. Помпонацци, который с 1512 г. преподавал философию в Болонском университете. Хотя католические теологи неоднократно выдвигали против П. Помпонацци обвинения в проповеди ереси, его учение не было официально осуждено католической церковью и имело значительное число приверженцев в итальянских университетах. Полемика вокруг взглядов П. Помпонацци особенно усилилась после издания им в 1516 г. сочинения «О бессмертии души» («De immortalitate animae»), в котором он заявлял о невозможности рационально обосновать христианское учение о бессмертии человеческой души и призывал несогласных с этим теологов вступить с ним в дискуссию. Откликнувшись на призыв П. Помпонацци, Гаспаро Контарини в 1517 г. отправил ему собственный трактат «О бессмертии души» («De immortalitate animae»). Ответ на аргументы П. Помпонацци Гаспаро Контарини дал в первой книге произведения «Апология». В качестве приложения, присутствующего не во всех экземплярах «Апологии», был помещён полный текст трактата Гаспаро Контарини (за исключением пролога), который был перепечатан и в позднейшем венецианском издании «Апологии» вместе с другими сочинениями П. Помпонацци (эти две публикации исследователи считают единственным известным случаем прижизненного издания какого-либо сочинения Гаспаро Контарини). После ознакомления с ответом П. Помпонацци Гаспаро Контарини написал ещё один трактат, содержавший разбор возражений П. Помпонацци; второй трактат был впервые опубликован в собрании сочинений Гаспаро Контарини, выпущенном в 1571 г., где был не вполне корректно назван второй книгой сочинения Гаспаро Контарини «О бессмертии души». Анализируя философские истоки учения П. Помпонацци, Гаспаро Контарини обращал внимание на то, что в интерпретации П. Помпонацци отождествляемое с философским знанием как таковым учение Аристотеля оказалось сведённым к радикальному эмпиризму: поскольку всякое познание и мышление, данные человеку в опыте, с необходимостью предполагают участие в них телесных органов и телесных представлений (так называемых фантазмов), разумная душа человека сама объявляется материальной формой и материальным актом, а значит, не может существовать вне материального тела, с которым она связана, и гибнет в момент разрушения тела, т.е. смерти человека.