Методом богословской работы Ива Конгара было обращение к истокам (ressourcement). Ив Конгар так характеризует принципы своей работы: «...Особая связь с изучением источников, среди которых – Писание, отцы Церкви, Литургия, великие Соборы, сама церковная жизнь, христианская община». Ив Конгар обращался к творениям как греческих, так и латинских отцов церкви, но чаще других упоминал Августина Блаженного. Считая своим главным призванием труд на благо единства христианского мира, Ив Конгар в числе главных задач видел обновление католической экклезиологии ради единения христиан, что нашло отражение в его исследованиях по истории богословия, в стремлении восстановить полноту и адекватность понимания природы церкви. Это и предопределило главные направления его изысканий: экклезиология и церковная реформа, церковное служение, коллегиальность (соборность) церкви, возвращение к источникам и традиции, экуменизм и миссия, пневматология и мариология. Разработку теоретических аспектов теологии Ив Конгар вёл в связи с преподаванием курса «Введение в теологию» в 1930 гг. в школе Сольшуар, а также в связи с проектом реформы богословской науки. Он определил теологию как науку, «посредством которой христианский разум… стремится познать то, во что он верует», различая предмет теологии – установленную истину, догмат (quod) – и «свет истины», т.е. опыт приобщения к истине (quo). Следуя известному делению теологии на положительную (позитивную, например, историческая теология), спекулятивную (дедуктивную) и практическую, Ив Конгар уделял особенное внимание позитивной теологии. Её предметом (quod) являются Священное Писание, Священное Предание и церковь; условием (quo) – взаимодействие исторического изучения Писания и Предания с послушанием церкви. Особенно важную позицию в теоретической мысли Ива Конгара занимает понятие истории. Изучение христианской традиции является для него исследованием Божественного Откровения, разворачивающегося в истории. Ив Конгар отстаивал право на теологический плюрализм и на использование разнообразных инструментов богословской работы, которые обусловлены самой природой богословия как типа человеческой рациональности, познающей Откровение. Он размышлял и об институционализации теологии, о месте богословия в научно-образовательном контексте и в церковной иерархии. Так, оценивая историческое дело богословов второго Ватиканского собора, Ив Конгар полагал, что их задача состояла в экспертной поддержке учительной части церкви (епископам), поскольку богословы не есть «Церковь учащая» («L'Église enseignante»), но «Церковь наставляющая» («L'Église renseignante»). Ив Конгар предлагал такое понимание Предания: «Предание есть жизнь Церкви…», т.е. Предание понималось им как передача (transmission) и как история и развитие (développement). Ив Конгар различал Священное Предание и предания следующим образом: предания (во мн. ч.) – это нормативные определения, созданные в неких условиях, не содержащиеся формально в Священном Писании: божественные, апостольские, церковные по происхождению, а также постоянные или временные по характеру. Их основное содержание – вопросы религиозного почитания и церковной дисциплины. Священное Предание (в ед. ч.) заключается в трёх аспектах: как передача (как в предметном смысле, т.е. передаваемое содержание, так и в функциональном – как акт передачи) полноты христианской тайны в Священном Писании, проповеди, символах веры, таинствах, обычаях и других формах; как истолкование Священного Писания (смысл, передаваемый в общине), т.е. имеющийся в христианской общине экзегетический способ прочтения священных текстов; как совокупность истолкований Священного Писания, развитая и выраженная в различных свидетельствах.