В 1952 г., к 1500-летию четвёртого Вселенского собора (451 г.), Ив Конгар опубликовал статью «Христос, Мария и Церковь» («Le Christ, Marie et l'Église»; вскоре была издана отдельной книгой), где дал сдержанную оценку католической мариологии XIX–XX вв., в том числе провозглашению в 1950 г. папой Римским Пием XII догмата о телесном вознесении Пресвятой Девы Марии. Новый мариологический догмат католической церкви был негативно оценён православными и протестантскими богословами, и Ив Конгар видел в этом новое препятствие для экуменического диалога (впоследствии Ив Конгар характеризовал развитие католической мариологии как поспешное, «mariologie galopante»). В 1954 г., к 900-летию разделения Восточной и Западной церквей (1054 г.), Ив Конгар подготовил большую статью «900 лет спустя: Заметки о “восточной схизме”», которая вышла в коллективной монографии «1054-1954: Церковь и Церкви: Девять веков прискорбного раскола между Востоком и Западом», где рассмотрел «восточную схизму» (употреблял это выражение в кавычках, указывая на его относительность) с политической, культурной и экклезиологической точек зрения. По его мнению, схизма во многом была проявлением феномена «разобщённости». Говоря о религиозно-культурных элементах, Ив Конгар напоминал об опасности сведения всей полноты христианской традиции к какой-либо одной конфессии (православию, католицизму, протестантизму) или локальной или культурной абсолютизации. Оценивая участие Восточной и Западной церквей в разделении, Ив Конгар отметил вину Восточной церкви: «...Объективно греки должны быть в большей степени названы схизматиками, чем латиняне, ведь в «восточной схизме» не раскололись две части христианского мира, а совокупность поместных Церквей откололась от апостольского Престола Петра… Поэтому с экклезиологической точки зрения объединение может быть лишь воссоединением с апостольским Престолом». В 1945–1954 гг. в ряде статей Ив Конгар разрабатывал богословскую программу активизации деятельности мирян в католической церкви. В 1953 г. в книге «Заметки по богословию мирян» («Jalons pour une théologie du laïcat») Ив Конгар критиковал восприятие церкви как иерархической структуры («иерархология»), требуя признания участия мирян в тройственном служении Христа – как Священника, Пророка и Царя; призвание мирян заключается в посредничестве между церковью и миром. С конца 1940 гг. против «новой теологии» выступили некоторые католические богословы, видевшие в ней продолжение католического модернизма, осуждённого папой Римским Пием X энцикликой «Pascendi Dominici gregis» (1907 г.). В 1947 г. по рекомендации Р. Гарригу-Лагранжа экуменические идеи Ива Конгара были оценены руководством Ордена доминиканцев как «ложный иренизм», т.е. как стремление примириться с другими христианскими конфессиями на основе отрицания католической церкви как единственно истинной. Папа Римский Пий XII энцикликой «Humani generis» (1950 г.) осудил «новую теологию» как «неомодернизм», после чего серьёзному давлению со стороны орденского руководства были подвергнуты Ив Конгар и те богословы, которые её представляли (в основном, доминиканцы из школы Сольшуар и иезуиты теологического факультета Фурвьера).