Патристическому пониманию церкви как мистического Тела Христова («Corpus mysticum») были посвящены вышедшие в 1941 г. «Очерки о тайне Церкви» («Esquisses du mystère de l'Église»), куда вошли статьи прежних лет по экклезиологии. Рассматривая церковь в сакраментальном, иерархическом и социальном аспектах, Ив Конгар показывал единство взглядов по пневматологическому и христологическому аспектам греческих отцов церкви и Фомы Аквинского, при этом экклезиологическое учение отцов Древней церкви Ив Конгар называл «подлинным христианством». В 1930 гг. вместе с М.-Д. Шеню (с 1932 г. – ректор высшей школы Сольшуар) и историком церкви А.М. Фере Ив Конгар задумал реформу преподавания теологических дисциплин на основе исторической теологии, которая рассматривалась как альтернатива «барочному богословию» эпохи Контрреформации, а также неосхоластике и интегризму конца XIX – начала XX вв. Так называемая новая теология («Nouvelle théologie»), к которой критики причисляли Ива Конгара, должна была учесть вызовы современности при формулировании новых понятий христианского богословия, однако непосредственного воплощения эти идеи не получили. Под влиянием дискуссии о реформе теологического образования Ив Конгар подготовил несколько важных публикаций, в том числе статью «Богословие» («Théologie») для «Словаря католического богословия» – масштабный обзор истории христианской теологии с рассмотрением её актуального положения и насущных задач. В статье Ив Конгар изложил принципы обновлённого богословского исследования, называемого положительной теологией (théologie positive); в числе её задач рассматривал насыщение теологического дискурса историческим религиозным опытом (труд Ива Конгара был критично воспринят церковными властями). Перед началом Второй мировой войны школа Сольшуар была переведена из Бельгии в парижский пригород Этьоль, откуда Ива Конгара призвали в действующую армию военным священником. В 1940 г. он попал в немецкий плен, до 1945 г. находился в концентрационных лагерях для пленных офицеров в Кольдице и Любеке; изучал там русский язык. Опыт войны и пребывания в концлагере, описанный им в сочинении «Их сопротивление» («Leur résistance»), оставил глубокий след в сознании Ива Конгара, а также сформировал убеждение в необходимости поворота католической церкви к современному миру. Вернувшись из плена, Ив Конгар столкнулся с заметным оживлением церковной жизни Франции в её литургическом, научном, интеллектуальном и социальном аспектах. В послевоенные годы он преподавал на богословских курсах в школе Сольшуар (она осталась в Этьоле), издал свои основные исследования, много выступал на различных общественных площадках и стал широко известен в церковных кругах, вместе с протоиереем Георгием Васильевичем Флоровским участвовал в экуменических встречах. В 1950 г. была опубликована его книга «Истинная и ложная реформа в Церкви» («Vraie et fausse réforme dans l'Église») с анализом идей Реформации. Различая божественную и человеческую природу церкви, Ив Конгар призвал в связи с нуждами современного мира к осторожным изменениям того, что относится к человеческой природе церкви; путь к этому лежит через обращение к истокам (ad fontes), прежде всего, к патристической традиции.