С началом первой сессии Собора в октябре 1962 г. Ив Конгар был назначен экспертом (peritus) Собора, однако смог приступить к работе лишь в марте 1963 г., в том числе по причине занятости издательской деятельностью. В это время выходит несколько его книг, в том числе своего рода учебник богословия «Вера и богословие» («La foi et la théologie»), сборник выступлений и докладов за 1945–1954 гг. «Пути Бога Живого» («Les voies du Dieu vivant»), собрание статей «Евангелизация и цивилизация как задачи, стоящие перед священством и мирянами» («Sacerdoce et Laïcat devant leurs tâches d'évangelisation et de civilisation»), ставшее уточнением и дополнением сочинения «Заметки по богословию мирян» (1953 г.). Богословская программа обновления церкви, сформировавшаяся у Ива Конгара в 1930 гг., соответствовала программе второго Ватиканского собора, что позволило ему воплотить многие идеи в соборных документах. По просьбе теолога-иезуита пресвитера Жана Даниелу Ив Конгар присоединился к группе бельгийских богословов из Лёвена (Лувена) для разработки проекта (схемы) конституции о церкви «De Ecclesia». Участники Собора отмечали необыкновенную активность Ива Конгара, который, несмотря на болезнь (с середины 1930 гг. у него проявлялись признаки рассеянного склероза, впоследствии переросшего в паралич), работал в различных комиссиях и принял непосредственное участие в составлении основных документов Собора: догматических конституций о церкви «Lumen gentium» и об Откровении «Dei Verbum», пастырской конституции о церкви в современном мире «Gaudium et spes», декретов о миссионерской деятельности церкви «Ad gentes divinitus», об экуменизме «Unitatis redintegratio», о священстве «Presbyterorum ordinis» и о подготовке к священству «Optatam totius», декларации о религиозной свободе «Dignitatis humanae». Ход работы Собора Ив Конгар регулярно отражал в отчётах для журнала «Informations catholiques internationales» (впоследствии эти отчёты были изданы отдельными томами под названием «II Ватиканский Собор: день за днём»). В период работы Собора у Ива Конгара сложились доверительные отношения с папой Римским Павлом VI. Благодаря изменению церковной ситуации Ив Конгар прошёл академические аккредитации в соответствии с порядком защиты академических степеней в доминиканском Ордене: 14 сентября 1963 г. сдал экзамен на научную степень «ad gradus», а в следующем году получил магистерскую степень по теологии. Несмотря на большую занятость на Соборе, продолжал работу над богословскими сочинениями. С 1963 г. начинается время его повсеместного признания, когда Ив Конгар опубликовал наибольшее число своих трудов. В 1963 г. подготовил к изданию второй том книги «Предание и предания», а также её упрощённую версию «Предание и жизнь Церкви» («La Tradition et la vie de l'Église»). Резонанс у широкой публики получила книга «За Церковь служащую и нищенствующую» («Pour une Église servante et pauvre»), отражавшая взгляды многих участников Собора. В 1964 г. выходит книга «Христиане в диалоге: католический вклад в экуменическое движение» («Chrétiens en dialogue: Contributions catholiques à l'œcuménisme»), куда вошли статьи Ива Конгара разных лет, посвящённые экуменизму, особенностям богословия и экклезиологии православия, англиканства, протестантизма и иудаизма, в том числе статья «Обожение в духовной традиции Востока» («La deification dans la tradition spirituelle de l'Orient»).