С 1952 г. все работы Ива Конгара подвергались строжайшей цензуре, в 1954 г. он и несколько профессоров-доминиканцев были уволены с кафедр в школе Сольшуар. Одной из причин увольнения Ива Конгара также стала статья «Будущее священников-рабочих» («L'avenir des prêtres-ouvriers»), опубликованная 25 сентября 1953 г. в журнале «Témoignage chrétienne», в которой он выступил в защиту пастырского эксперимента священников-рабочих в Парижском архиепископстве. В 1954 г. по указанию Римской курии движение священников-рабочих было запрещено из-за вовлечения участвовавших в нём клириков в политическую деятельность. Покинув Париж, в 1954 г. Ив Конгар совершил поездку в Иерусалим, где остановился при Библейской школе. Там он завершил работу над книгой «Таинство храма: Икономия божественного присутствия в творении от книги Бытие до книги Откровение» («Mystère du temple: L'Économie de la présence de Dieu à sa créature de la Genèse à l'Apocalypse»), которая подверглась семи цензорским правкам и была опубликована лишь в 1958 г. После поездки в Рим Ив Конгар направился в Кембридж, где изучал труды Джона Генри Ньюмена о единстве церкви; в серии «Unam Sanctam» было подготовлено к изданию его сочинение «Мысли о Церкви». Идеи Дж. Г. Ньюмена о догматическом развитии оказали влияние на формирование у Ива Конгара особого взгляда на Предание церкви. Незадолго до отъезда из Кембриджа он написал небольшую брошюру для английских студентов – паломников в Шартр, в которой выразил идею «странствующей Церкви», ведомой Святым Духом на протяжении всей человеческой истории. С 1956 г. по приглашению Страсбургского архиепископа Жана Вебера Ив Конгар преподавал богословие на теологическом факультете Страсбурга; оставался там до ухода на пенсию (1968 г.). В 1959 г. Ив Конгар опубликовал сборник статей «Большой мир, мой приход: Истина и возможности спасения» («Vaste monde, ma paroisse: Vérité et dimension du salut»), посвящённый таким богословским темам, как замысел Божий, мистическое Тело Христово, грех, проблемы зла и смерти. В 1960 г. вышел первый том, в 1963 г. – второй том большого историко-богословского исследования «Предание и предания» («La Tradition et les traditions»), в котором Ив Конгар изложил взгляд на различные аспекты Предания (Traditio) церкви, обосновав возможность изменения некоторых сторон церковной жизни в соответствии с современными нуждами христианской общины. Это исследование Ива Конгара сыграло важную роль при подготовке многих документов второго Ватиканского собора, созванного папой Римским Иоанном XXIII для обновления католической церкви (см. «Aggiornamento»). Папа Иоанн XXIII, избранный на Папский престол в 1958 г., в 1944–1953 гг. был нунцием во Франции и хорошо знал работы и публикации Ива Конгара. В 1960 г. папа назначил его и теолога-иезуита пресвитера Анри де Любака консультантами богословской подготовительной комиссии Собора, о чём Ив Конгар узнал из сообщения в журнале «La Croix». Участие Ива Конгара в подготовительном периоде Собора было минимальным, т.к. возглавлявший богословскую подготовительную комиссию кардинал Альфредо Оттавиани был противником «новой теологии» и одним из инициаторов преследований теологов-«прогрессистов».