В большой вступительной статье Ив Конгар описал свой путь к богословию единства; в 1974 г. статья опубликована отдельно: «Стремление к единству: Размышление воспоминания, 1929–1973» («Une passion: L'unité: Réflexions, souvenirs, 1929–1973»). В 1964 г. статьи за предыдущие годы были изданы в сборнике «Святая Церковь: Экклезиологические опыты и подходы» («Sainte Église: Études et approches ecclésiologiques»). Ив Конгар вместе с другими богословами и церковными деятелями уделял особое внимание воплощению в жизнь решений Собора. Для отражения процесса соборных реформ в католической церкви с 1965 г. стал издаваться журнал «Concilium», одним из основателей и постоянным автором которого стал Ив Конгар. В изданную в 1965 г. книгу «Иисус Христос, наш Заступник и наш Господь» («Jesus-Christ, notre Mediateur et notre Seigneur») вошли различные богословские тексты, а также доклады, составленные для комиссий и рабочих групп на втором Ватиканском соборе. В серии «Unam Sanctam» Ив Конгар выпустил несколько документов второго Ватиканского собора в переводе на французский язык, снабдив их предисловием и комментариями. В 1967 г. Ив Конгар стал кавалером ордена Почётного легиона с формулировкой «за культурную деятельность», был награждён Военным крестом. Особое внимание в этот период Ив Конгар уделял проблемам исторического богословия, чему было посвящено изданное в 1968 г. историческое и богословское исследование «Экклезиология раннего Средневековья: От св. Григория Великого до разрыва между Византией и Римом» («L'Ecclésiologie du haut Moyen Âge: De S. Grégoire le Grand à la désunion entre Byzance et Rome»). В этой книге из трёх частей («Церковь-в-себе», «Темпоральное поле Церкви», «Восток») Ив Конгар в некоторой степени реализовал замысел о фундаментальном трактате о церкви. В монографии «Церковь от Августина Блаженного до Нового времени» («L'Église: De S. Augustin à l'époque moderne») Ив Конгар представил историю экклезиологических учений. Ив Конгар критически оценил выпуск папой Павлом VI энциклики «Humanae vitae» (1968 г.), осудившей позицию католических теологов-«прогрессистов» по современным биоэтическим проблемам брака. В апреле 1969 г. Ив Конгар вместе с другими теологами из разных стран подписал заявление «О свободе богословов и богословия в церковном служении», опубликованное в журнале «Concilium». Заявление было выпущено в защиту богослова-доминиканца Эдуарда Схиллебекса, который выразил несогласие с осуждением Папским престолом «Голландского катехизиса», написанного на основе исторического метода в теологии и содержавшего некоторые положения, противоречившие католическому вероучению. Из-за несогласия с позицией папы Римского, которое Ив Конгар фактически выразил подписанием этого заявления, было отменено запланированное на апрель 1969 г. его возведение в достоинство кардинала (вместе с Жаном Даниелу), однако в мае того же года папа Павел VI назначил Ива Конгара членом Международной теологической комиссии, подчеркнув тем самым признание его заслуг как богослова. С 1972 г. Ив Конгар проживал в парижском монастыре Сен-Жак, куда переехала школа Сольшуар. Несмотря на прогрессирующее заболевание, читал лекции в Высшем институте экуменических исследований при Католическом институте в Париже.