О почитании святого свидетельствуют его многочисленные изображения (самые ранние сохранившиеся фрески исследователи датируют XI в.) в храмах Охридской архиепископии и в Сербии. В Средние века в Охриде ежегодно в день памяти святого совершались крестные ходы из церкви Богородицы Перивлепты в Пантелеимоново-Климентовский монастырь. По мнению исследователей, во главе этих шествий несли большую деревянную икону Климента Охридского, датируемую концом XIII в. (с 1942 г. находится в южной части иконостаса церкви Богородицы Перивлепты). Образы Климента Охридского есть и в греческих храмах: в церкви святителя Николая Орфаноса в Фессалонике (около 1320 – 1325 гг.), в храме Преображенского монастыря в Метеорах (1483 г.) и др. Дискуссионна идентификация с Климентом Охридским образов на двух фресках, датируемых XIII в. – в церкви Санта-Мария-аль-Баньо и в церкви Сан-Мауро области Апулия, Южная Италия (исследователи полагают, что фрески могли создать балканские зографы или монахи в период церковного подчинения этих мест Охриду). Почитание Климента Охридского как отдельно, так и вместе со св. Седмочисленниками сохранялось в Охридской архиепископии, а после её упразднения (1767 г.) получило широкое распространение среди болгар в период болгарского возрождения. В XIX в. Клименту Охридскому было посвящено много статей в болгарских изданиях, особенно в газете «Македония», которую издавал Петко Рачов Славейков в Константинополе. О почитании Климента Охридского в Средние века в Хорватии, Чехии, на Руси, в Молдавии и Валахии исследователям неизвестно, хотя исследователи отмечают, что периодически в научной литературе поднимается вопрос о его существовании. Освящать во имя Климента Охридского храмы начали ещё в период раннего Средневековья, в основном, в Охриде и его окрестностях. Прежде всего, в его честь был переименован монастырь во имя великомученика Пантелеимона в Охриде. Ему также были посвящены храмы св. Климента Старого «большой» и св. Климента Старого «малый» (1378 г.), храмы в селе Климещани и в селе Издеглавье близ Охрида, монастырь в селе Белица близ города Струга, параклис в здании митрополии в Битоле, а также храмы в Боснии и Герцеговине: в селе Сливинци и в селе Мостаче около города Требине. Во имя Климента Охридского в 1990 г. в Скопье был освящён кафедральный собор не признанной православным миром Македонской православной церкви. В память о просветительской деятельности Климента Охридского его имя носит университет в Софии. Переводческая деятельность и творчество Климента Охридского тесно связаны с миссией просвещения болгар. Исходя из сообщения Димитрия II Хоматиана, что Климент Охридский придумал «другие начертания для букв, дабы они были более ясными, нежели те, что изобрёл премудрый Кирилл», Павел Йозеф Шафарик сделал вывод, что Климент Охридский создал кириллицу, однако другие исследователи считают, что либо он видоизменил глаголицу, либо автор Жития имел в виду переписывание кириллических текстов и преподавание письма. Скорее всего (особенно с учётом специфики истории бытования славянского письма в Охридской архиепископии в X–XIII вв.), Климент Охридский использовал глаголический алфавит.