Исследователи полагают, что он участвовал в Хазарской миссии будущих славянских первоучителей, при монашеском постриге получил имя в честь священномученика Климента Римского, мощи которого были обретены равноапостольным Кириллом, и с самого начала просветительской деятельности сопровождал своих учителей в Великую Моравию. Исследователи предполагают, что Климент Охридский был в числе учеников славянских просветителей, которые в 867 г. в Риме по благословению Римского папы Адриана II были поставлены во пресвитеры. После смерти равноапостольного Кирилла Климент Охридский вместе с Мефодием вернулся в Моравию, но, по мнению исследователей, в отличие от него избежал заключения и до 873 г. (когда Мефодий был освобождён из германского плена) продолжал его дело в епархии. О статусе Климента Охридского при архиепископе Мефодии однозначных данных у исследователей нет. Известие Димитрия II Хоматиана, что Мефодий поставил его епископом Иллирика, исследователи считают ошибочным. Николай Леонидович Туницкий полагал, что он был одним из его викарных епископов, которых, согласно латинским источникам (Письмо баварских епископов папе Иоанну IХ), было трое. Другие исследователи считают, что Климент Охридский был церковным учителем. Феофилакт сообщает, что после смерти Мефодия Климент Охридский вместе с равноапостольным Гораздом продолжал защищать взгляды своих учителей в спорах с представителями немецкого духовенства, однако тема споров, указанная им (об исхождении Святого Духа от Бога Сына), отражает современную ему полемику между Восточной и Западной церквами, которая разгорелась после Великой схизмы 1054 г. Во времена Климента Охридского сторонники и противники кирилло-мефодиевской деятельности спорили о каноничности введения славянского языка в богослужение. Феофилакт отмечает, что «православных» последователей Мефодия, в том числе и Климента Охридского, объявили еретиками, заключили в темницу и подвергли «бесчеловечным избиениям», но, подобно чудесному избавлению апостола Петра, по молитве страждущих трижды раздавался шум с небес, земля тряслась, а железные оковы спадали с узников. Затем раздельно друг от друга заключённых вывели из города и изгнали из Великой Моравии. Климент Охридский вместе с Наумом и Ангеларием направился в Болгарию. Сообщения о холодной погоде во время путешествия позволяют исследователям полагать, что их изгнание произошло поздней осенью 885 г., после сентябрьского послания Римского папы Стефана V, запретившего использование славянского языка в богослужении и велевшего изгнать учеников Кирилла и Мефодия. В одном селении их молитвами был воскрешён из мёртвых сын приютившего их человека. Из Белграда управляющим (боритарканом) крепости они были направлены «как многоценный дар» болгарскому князю Борису, который их с радостью принял. Феофилакт не сообщает о книжной деятельности Климента Охридского в столице Плиске, об этом нет сведений и в других источниках, но поскольку князь Борис планировал объявить славянский язык государственным и богослужебным, исследователи полагают, что Климент Охридский с другими учениками Кирилла и Мефодия, разными путями попавшими в Плиску, продолжал переводить греческие церковные тексты и обучал славянскому языку клириков Болгарской церкви.