В XVIII в., во время перенесения вербы, шествие направлялось из Георгиевского храма в Софийский собор, а оттуда в Киево-Братский монастырь. В XIX в. ежегодно вечером в Лазареву субботу в Петропавловской семинарской церкви (Киевская духовная семинария располагалась в зданиях бывшего Петропавловского монастыря с 1831/1832 по 1901 гг., а с 1901 г. здесь располагалось Киево-Подольское духовное училище) собирались воспитанники и наставники всех духовных школ Киева. После освящения вербы крестный ход с пением «Днесь благодать Святаго Духа нас собра…» направлялся в Киево-Братский монастырь, где совершалось праздничное всенощное бдение. Два раза в год (6 января и 1 августа) крестный ход направлялся для водоосвящения из Киево-Братского монастыря на Днепр. В эти дни вместе с крестным ходом из обители выносилась Киево-Братская икона Божьей Матери. С 1853 г. (после эпидемии холеры) был учреждён ежегодный крестный ход из Киево-Братского монастыря на Житный рынок Киева (в день Всех святых). В 1920 г., после окончательного установления в Киеве советской власти и переоформления Киевской духовной академии в Киевскую православную богословскую академию, которая не имела возможности располагаться в академических корпусах, должность настоятеля Киево-Братского монастыря и ректора Киевской православной богословской академии были разделены. С 1920 г. настоятелем Киево-Братского монастыря в сане архимандрита служил Алексий (Готовцев), который 8 мая 1921 г. был хиротонисан во епископа Звенигородского, викария Киевской епархии. В 1922 г. настоятелем был игумен Антоний (Лобов), переведённый в 1923 г. в Киево-Печерскую лавру. В 1923 г. власти произвели первую масштабную реквизицию ценностей обители. В частности, был изъят монастырский архив, содержащий документы за 1746–1923 гг. 16 июня 1926 г. правительство УССР признало комплекс Киево-Братского монастыря памятником архитектуры республиканского значения. В 1926–1928 гг. в документах упоминается Братская ремесленно-хозяйственная община, в состав которой входили и семь монахов Киево-Братского монастыря, формально упразднённого властями. В целом община объединяла 315 прихожан Подольского района Киева (Государственный архив города Киева). Последними клириками Киево-Братского монастыря, упоминаемыми в конце 1920 гг., были иеромонах Иаков (Демиденко) и монастырский священник (иеромонах?) Иоанн Черкасский, репрессированные в начале 1930 гг. В июне 1929 г., когда все церкви Киево-Братского монастыря, за исключением Богоявленского собора, были закрыты, началась поэтапная передача территории обители в ведение Всеукраинской Академии Наук (Вечерний Киев. 1929 г. 27 июня). Исследователи полагают, что тогда же из зданий академии и монастыря стали выселять жильцов, что подтвердило и постановление Киевского горсовета от 16 июля 1929 г. об освобождении помещений бывшей духовной академии и монастыря от военнослужащих Киевского гарнизона, а также от учреждений, и о последующей передаче монастырских корпусов для культурно-просветительских нужд. Богоявленский собор был обращён в приходской. В соответствии с постановлением президиума Киевского горсовета от 22 августа 1934 г. Богоявленский храм «старославянской ориентации» предписывалось закрыть и снести. В общине официально состояло 60 человек. Однако 4 марта 1935 г. решение о сносе собора было отменено, и в церковном здании устроено общежитие для рабочих. 15 апреля 1936 г. Политбюро ЦК КП(б)У приняло решение разобрать Богоявленский храм «в целях школьного строительства». Собор и монастырская колокольня были уничтожены, в бывших помещениях Киево-Братского монастыря и Киевской духовной академии размещалось Киевское высшее военно-морское политическое училище, с 1992 г. – Национальный университет «Киево-Могилянская академия».