31 декабря 1659 г. по просьбе игумена Иоанникия царь Алексей Михайлович выдал жалованную грамоту на ремонт и строительство монастырских и учебных корпусов; за обителью были закреплены имения Мухоеды, Ксаверов, Плисецкое и Черногородка. Те же права на владения имениями подтвердил 6 марта 1662 г. и гетман Юрий Богданович Хмельницкий. Около 1662 г. игумен Иннокентий, оставив настоятельство в Киево-Братском монастыре, уехал из Киева. В 1665 г. Киево-Братский монастырь вновь был полностью разрушен войсками гетмана Петра Дорофеевича Дорошенко, и на некоторое время монашеская жизнь в обители пресеклась. С конца 1665 г. Киево-Братский монастырь восстанавливался трудами архимандрита Варлаама (Ясинского). В ответ на его просьбу 25 апреля 1670 г. польский король Михаил Корибут Вишневецкий подтвердил в пользу монастыря фундуш местечка Новосёлки – бывшее имение Адама Светольдича Киселя, которое в результате Андрусовского мира перешло к Речи Посполитой. Были подтверждены все права, привилегии и имения монастыря. Несмотря на установление мира, 3 мая 1671 г. польский полковник Я. Пиво сжёг основное имение обители – местечко Новосёлки с приходской церковью. С 1670 г. Киево-Братский монастырь участвовал в судебном процессе между приписным Гощанским Михайловским монастырём и местным шляхтичем Яном Песляком. О постоянных пожертвованиях, поступавших в Киево-Братский монастырь из Москвы, свидетельствуют документы фонда Приказного стола (Российский государственный архив древних актов). Так, в 1671 г. игумен Варлаам (Ясинский) подавал челобитную о разрешении отпустить в Москву строителя Антония (Российский государственный архив древних актов). Здесь же хранятся прошения игумена Лазаря (Барановича) и других монастырских властей, направлявшиеся в Москву, сведения о пожертвованиях и благодарности настоятелей (Российский государственный архив древних актов). В 1670 г. префект и учитель В. Галевский получил в Москве меха и деньги на 92 руб., книги, ризы, ладан; в 1671 г. гетману было рекомендовано выделить лес для восстановления сгоревших монастырских построек. Гетман Демьян Игнатьевич Многогрешный передал монастырю село Муромское. В 1676 г. в Киево-Братскому монастырю были переданы книги и другое имущество скончавшегося в Москве иеромонаха Епифания (Славинецкого). В 1679 г. находившийся в ссылке бывший местоблюститель Киевской митрополии Мефодий (Филимонович) передал монастырю одно из своих имений. Среди тех, кто оказывали Киево-Братскому монастырю помощь, был и митрополит Иосиф (Нелюбович-Тукальский), он подарил обители местечко Стайки на Правобережье. В 1682 г. Киево-Братский монастырь в очередной раз получил подтверждение своих владений в грамоте-столбце царей Петра и Ивана Алексеевичей. Материальное положение Киево-Братского монастыря постепенно улучшалось, чему содействовали и помощь, получаемая из Москвы, и общее «успокоение» жизни на Левобережье и в Киеве после заключения Андрусовского перемирия 1667 г., «Вечного мира» 1686 г., и переход Киевской митрополии в юрисдикцию патриарха Московского и всея Руси, осуществлённый при патриархе Иоакиме (Савёлове).