Насельники были временно переведены в митрополичий дом. Впоследствии часть братии разошлась по другим обителям, но Киево-Братский монастырь не был упразднён. В наскоро отремонтированной монастырской трапезной была устроена временная церковь, в которой совершались богослужения. Средства на восстановление Киево-Братского монастыря были выделены по распоряжению императора Александра I из государственного казначейства, однако война 1812 г. с императором Наполеоном не позволила передать эти деньги в Киев. Новый настоятель архимандрит Иоасаф (Мохов) был уличён в хищении монастырского имущества и средств, выделенных на ремонт. После проведённого расследования указом Синода от 12 февраля 1817 г. он был снят с настоятельской должности. В 1817 г., после открытия в зданиях коллегии Киевской духовной семинарии, первым её ректором и настоятелем Киево-Братского монастыря стал архимандрит Моисей (Богданов-Платонов-Антипов). В 1819–1824 гг. он был первым ректором новообразованной Киевской духовной академии, сохранив за собой и должность настоятеля Киево-Братского монастыря. Созданная в Киеве так называемая пожарная комиссия выработала новый план застройки Подола, который предполагал и перепланировку обители. По новому плану усадьба Киево-Братского монастыря охватывала 6894 кв. сажён. В 1818 г. завершилось восстановление монастырской колокольни, и был обновлён настоятельский дом. Поскольку в эти годы правительственные средства на восстановление Киево-Братского монастыря не выделялись, архимандрит Моисей мог использовать лишь скудные монастырские и академические суммы. Поэтому был организован масштабный сбор пожертвований среди киевлян. 22 декабря 1818 г. был освящён восстановленный центральный придел Богоявленского собора, а 24 июня 1820 г. – придел Иоанна Предтечи. В новой планировке Киево-Братского монастыря было решено сохранить единый комплекс монастырских и академических построек. Для монастырских зданий отводилась восточная сторона усадьбы Киево-Братского монастыря, а для академических – западная, северо-западная и юго-западная стороны. В монастырской части был построен корпус братских келий (во второй половине XIX в. над ним надстроен второй этаж). Монастырь находился за каменной стеной. Восстановительные работы были окончены лишь в 1830 гг. Существенные перемены в жизни обители произошли в 1830 гг. при настоятеле Иннокентии (Борисове). На монастырских землях в селе Сподарец была построена мельница, которая стала главным источником доходов монастыря, братия полностью обеспечивалась хлебом. В 1832 г. во владение Киево-Братского монастыря был передан хутор Пирогов, где устроена монастырская дача. Неподалёку от дачи в урочище Гадючий Лог Иннокентий (Борисов) обнаружил древние пещеры, при которых с 1899 г. велось строительство Рождество-Богородичного мужского скита. В начале 1919 г. по благословению митрополита Антония (Храповицкого) скит был отделён от Киево-Братского монастыря и стал самостоятельной обителью – Киевским Церковщинским в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужским монастырём.