Исследователи известно местонахождение лишь некоторых святынь обители. Киево-Братская икона Божьей Матери, икона святителя Николая (XVII в.), местные иконы Христа Спасителя и Пресвятой Богородицы (XVII в.), оклад иконы Благовещения (XVIII в.) и серебряная рака (XIX в.) для мощей хранятся в Национальном художественном музее Украины. Напрестольный кипарисовый крест (дар 1600 г. Иерусалимского патриарха Феофана) и образ Благовещения Пресвятой Богородицы (XVIII в.) хранятся в Национальном художественном музее Украины. Серебряный крест, в 1622 г. подаренный гетманом П.К. Конашевичем-Сагайдачным, хранится в Национальном музее истории Украины. Утрачены могилы гетмана П.К. Конашевича-Сагайдачного и архитектора Ивана Григорьевича Григоровича-Барского, находившиеся в Богоявленском соборе. В память о П.К. Конашевиче-Сагайдачном в 2001 г. на территории бывшей обители был поставлен крест с символическим могильным камнем. Монастырское кладбище располагалось слева от надвратной колокольни, при этом настоятелей обители хоронили в Богоявленском соборе. С 1772 г. часть монашествующих из Киево-Братского монастыря хоронили на новооткрытом кладбище на горе Щекавица. В 1988 г. на месте монастырского кладбища была построена столовая Киевского высшего военно-морского училища. С 1695 г. к Киево-Братскому монастырю был приписан Трёхсвятительский мужской скит-монастырь во имя святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Скит был учреждён 30 января 1695 г. при полуразрушенной каменной Трёхсвятительской церкви, перешедшей в 1638 г. по королевской грамоте во владение Киево-Братского монастыря и повреждённой во время военных действий 1648–1654 гг. 17 августа 1654 г. храм горел, в 1693–1706 гг. при помощи Василия Леонтьевича Кочубея восстановлен. С 1720 гг. скит был временно приписан к Киево-Софийскому монастырю, с которым Киево-Братский монастырь вёл длительную тяжбу за контроль над спорными имениями. В 1765 г. наместником Трёхсвятительского скита стал игумен Савва (Пальмовский). В январе 1775 г. он был обвинён в несанкционированном Синодом переименовании Трёхсвятительского скита в монастырь и снят с должности наместника. Тем не менее, в описании Киева за 1775 г. фигурирует «Трёхсвятительский монастырец», принадлежавший киевскому Софийскому монастырю. 30 мая 1775 г. указом Синода скит был отделён от Софийской обители и преобразован в Трёхсвятительское отделение Киево-Братского монастыря. В 1786 г. скит вместе с Киево-Братским монастырём был упразднён, Трёхсвятительский храм стал приходским. 8 августа 1934 г. президиум Киевского горсовета принял решение о закрытии Трёхсвятительского храма «синодальной ориентации». В 1935 г. храм был разрушен, другие постройки передали «под снос для освобождения территории под строительство нового Дома Правительства» (Государственный архив города Киева).