К осени 1632 г. новая школа разместилась в стенах Киево-Братского монастыря. Ректором школы, именовавшейся «коллегией», и настоятелем (1634–1638 гг.) Киево-Братского монастыря стал игумен Исаия (Трофимович-Козловский). Архимандрит Пётр (Могила), получив звание «пожизненного блюстителя, опекуна и защитника» Киево-Братского монастыря, предоставил в пользование обители Вишенскую и Гнедину волости близ Киева и деревни Процев и Ревное. На его средства для Киево-Братского монастыря было приобретено местечко (впоследствии село) Новосёлки. В 1638 г. по ходатайству Петра (Могилы) земельные угодья Васильевской (Трёхсвятительской) и Крестовоздвиженской церквей вместе с храмами грамотой польского короля Владислава IV Вазы были переданы в собственность Киево-Братского монастыря. Первоначально Киевская коллегия размещалась в доме, дарение которого приписывалось Галшке Гулевичевне. В 1630 гг. на территории Киево-Братского монастыря была построена домовая церковь во имя святых Бориса и Глеба с трапезной. Это здание оставалось главным учебным корпусом коллегии до начала XVIII в. Позже оно было перестроено и переосвящено в Свято-Духовскую церковь. Митрополит Пётр (Могила) проявлял особую заботу о Киево-Братском монастыре вплоть до своей кончины. В завещании, датированном 22 декабря 1646 г., он передал Киево-Братскому монастырю и школе несколько сёл, вотчин, домов и дворов, фамильную серебряную посуду, серебряный крест, саккос, половину имущества из своего хутора Непологи, село Позняковка, около 80 тыс. злотых, митрополичье облачение и митру, украшенную семейными драгоценностями рода Могил, ткани (адамаск и камку), а также свою библиотеку, состоявшую из 2131 книги. Обители были переданы имения Киево-Печерской лавры – сёла Вишенки и Гнедин. 3(23?) апреля 1648 г. киево-печерский архимандрит Иосиф (Тризна) дал Киево-Братскому монастырю лист с гарантией права пользования этими лаврскими имениями. После Исаии (Трофимовича-Козловского) Киево-Братский монастырь возглавляли игумены: в 1638–1640 гг. – Софроний (Почаский), в 1641 г. – Леонтий (Бронкевич), в 1640–1642 гг. – Игнатий (Оксенович-Старушич), в 1642/1643 – 1645 гг. – Иосиф (Кононович-Горбацкий), в 1646–1650 гг. –Иннокентий (Гизель). У исследователей нет точных данных о том, с какого времени ректоры Киево-Братской коллегии стали одновременно и настоятелями обители. По мнению М.А. Максимовича, такое совмещение должностей началось только с 1647 г., когда монастырь возглавлял архимандрит Иннокентий (Гизель). Однако Николай Федосеевич Мухин считал, что эти должности уже совмещали игумены Леонтий (Бронкевич), Игнатий (Оксенович-Старушич) и Иосиф (Кононович-Горбацкий). После кончины Петра (Могилы) практика совмещения двух должностей стала нормативной и сохранялась до начала ХХ в. В 1654 г. в документах впервые упомянута должность наместника Киево-Братского монастыря. Исследователи полагают, что она была учреждена в годы игуменства Лазаря (Барановича), в связи с тем что настоятели монастыря были больше заняты руководством коллегией. К середине XVII в. активизировались связи Киево-Братского монастыря с Москвой. 29 января 1640 г. монахи Киево-Братского монастыря направили царю Михаилу Фёдоровичу письмо с просьбой прислать для монастырской церкви иконы, священническое облачение и богослужебные книги, а также предоставить помощь Греко-славянскому училищу в Киеве (Российский государственный архив древних актов).