На самом деле анафема Димитрию Кидонису была внесена в Синодик в Неделю Православия уже после его смерти, как видно из самого текста анафемы: «Димитрию, именуемому Кидонис, безумно и безбожно в течение жизни болезновавшему заблуждением и развращением Варлаама и Акиндина, лаявшему на божественное действие и нетварный свет, воссиявший на Фаворе; ему, дерзкой душой и языком учившему, что божественная сущность или бездейственна, или имеет тварное действие, согласно эллинскому мифотворчеству; и часто увещавшемуся отеческими советами со стороны Церкви Христовой и тогдашних её предстоятелей отступить от сей гибельной ереси, но смежившему очи разума пред сиянием истины и сражавшемуся в защиту лжемонаха, скорее же богоборца, Прохора Кидониса, брата его, который и стал для него виновником таковой ереси; подвигшемуся мерзким умом и рукой хулить священных отцов, просиявших тогда в богодухновенных догматах, как стало очевидным и из обнаруженных после его смерти гнусных сочинений, которые он скрывал всю свою жизнь как достойные мрака и написанные им против защитников истины; и отсекшему себя от Бога, своей Церкви, родины и божественных догматов и священных писаний и позорно и безбожно закончившему жизнь на чужбине, анафема». Анафема Димитрию Кидонису, внесённая в солунский синодик между 1397 и 1404 гг., сохранилась только в двух более поздних рукописях, датируемых 1421–1425 и 1439 гг. Она не попала в первую греческую печатную Постную триодь 1522 г. и в славянский перевод, впервые напечатанный в Киеве в 1627 г. Вскоре после прибытия Димитрия Кидониса в Италию Мануил Хрисолор уехал во Флоренцию в качестве учителя греческого языка и литературы (1397–1400 гг.), и его деятельность имела огромное значение в истории Ренессанса. Димитрий Кидонис покинул Венецию и, согласно одному позднему (1506 г.) и не вполне надёжному, по мнению исследователей, источнику, побывав также в Милане, прибыл на остров Крит, где и умер в конце 1397 г. Этот переезд, который отчасти мог быть вызван венецианским зимним климатом, тяжёлым для больного старика, исследователи объясняли по-разному. Легенда о том, что Димитрий Кидонис якобы раскаялся и желал вернуться в лоно православной церкви, по мнению исследователей, не имеет оснований. По мнению Ганку, подкреплённому впервые изданными нотариальными документами, переезд Димитрия Кидониса на Крит был вызван желанием встретиться с Максимом Хрисовергом, который должен был приехать туда, чтобы стать приором доминиканского монастыря. Исследователи полагают, что именно в этом монастыре в Кандии умер и был похоронен Димитрий Кидонис, предварительно составив завещание, о котором сохранилось довольно много свидетельств, хотя сам текст до сих пор исследователи не обнаружили. Помимо денежных средств Димитрий Кидонис завещал друзьям рукописи. Мануилу II он оставил три манускрипта с сочинениями Геродота, Платона и текстами из Священного Писания. Мануилу Хрисолору – также три книги: собственные письма, переписку Либания и сочинения Элия Аристида. По мнению исследователей, первые две книги, завещанные Хрисолору, сохранились в архивах Ватиканской библиотеки.