В 1356 г. Иоанн Палеолог вновь приглашает Димитрия Кидониса на службу в прежней должности. Исследователи полагают, что приглашение было связано с возобновлением переговоров с Римом в лице папы Иннокентия VI об объединении церквей и о военной помощи против турок. Однако Димитрий Кидонис был по-прежнему недоволен обстановкой во дворце и в стране и через год подал прошение об отставке, которое не было удовлетворено. Он ценил общение с супругой Иоанна Палеолога Еленой, которая была интеллектуально и литературно одарена. Дружбу с ней Димитрий Кидонис сохранил до самой смерти. В 1392 г. Елена, уйдя в монастырь, завещала ему часть своего имущества. Месазон стал также наставником и учителем наследника престола Мануила, которому, в свою очередь, завещал часть своих рукописей. В личной жизни Димитрий Кидонис предпочёл отказаться от уз брака, чтобы заниматься общественной и научной деятельностью. В речи к Иоанну Палеологу он писал, что сам предпочёл остаться свободным ради занятий науками и не связывать себя хлопотами о жене, детях и собственности. Исследователи полагают,  что безбрачие Димитрия Кидониса было связано и с тем, что он имел какой-то церковный чин (папская булла от 9 марта 1370 г. говорит о нём как о clericus Constantinopolitanus). Многими годами позже Димитрий Кидонис отговорил от женитьбы, равно как и от коммерческой деятельности, своего друга Радена, призывая его заняться наукой и ценить выше всего политическую и духовную свободу. Однако всё это не мешало Димитрию Кидонису с уважением относиться к бракам своих друзей. Теме свободы, прежде всего, от страха смерти, посвящено сочинение Димитрия Кидониса «О презрении смерти». По его мнению, одни страшатся смерти из-за потери удовольствий, другие – думая, что уничтожается бытие человека, третьи – опасаясь загробных мучений. Но истинный философ и христианин свободен от всех этих страхов. Сильным потрясением для Димитрия Кидониса стала потеря матери и двух сестёр в 1362 г. из-за эпидемии чумы в Фессалонике. По мнению исследователей, к 1357 г. относится обращение Димитрия Кидониса в католичество. О том, что принятие им католичества состоялось примерно в это время, свидетельствуют слова доминиканца Филиппа из Перы. В прологе к сочинению «Книга о том, как греки уклонились от повиновения Римской Церкви» («Libellus qualiter Graeci recesserunt ab oboedientia Ecclesiae Romanae»), написанном в 1357 г., Филипп упоминает о «верном греке по имени Димитрий Кидонис, знатного рода, гражданине Фессалоники, обратившемся к вере» («fideli Greco vocato Demetrio Chidonij, nobili genere, cive Thesalonicensi qui conversus ad fidem») и оказавшем значительную помощь в сборе материалов по истории фотианской схизмы и разыскании греческих актов Cобора 869–870 гг. (похожие выражения есть и в трактате Филиппа от 1359 г. «Об исхождении Святого Духа»). В 1365 г. об Иоанне Ласкаре Калофере, о Димитрия Кидониса и Мануиле Ангеле как о перешедших в католичество упоминает папа Урбан V в письме от 18 апреля к Максиму Ласкарю. Папа поощряет их в этом поступке и называет «возлюбленными сынами». По мнению исследователей, переход Димитрия Кидониса в католичество не афишировался, что объясняет столь позднее одобрение папой Урбаном V этого поступка.