В мае-июне 1157 г. Нур ад-Дин захватил город и взял в осаду остатки гарнизона крестоносцев во дворце. Вскоре, однако, из Иерусалима подошло войско крестоносцев, и мусульмане отступили. Король Балдуин III выслал каменщиков и плотников для реконструкции города. 18 октября 1164 г. Панеада была окончательно захвачена Нур ад-Дином, когда часть городского гарнизона участвовала в экспедиции против Египта. В 1174, 1179 и 1219 гг. крестоносцы безуспешно пытались отвоевать Панеаду. В 1201 г. произошло сильное землетрясение, после чего город был восстановлен эмиром Фахром ад-Дином Ияс Яхаркасом. Недавно открытая арабская надпись упоминает о возведении башни в 1204–1205 гг. В марте 1219 г. последовало разрушение всех крепостей крестоносцев в Западной Палестине по приказу аль-Муаззама Исы. Согласно надписи местного правителя аль-Азиза Утмана, стены были восстановлены в 1227 г. После 1260 г. Панеада вошла в состав государства мамлюков. К этому времени город пришёл в упадок и в дальнейшем стал небольшой деревней, которую населяли туркмены, арабы, друзы и христиане. Известные епископы Кесарии Филипповой: Ераст (середина I в.), Филокал (упоминается в 325 г.), Мартирий (ум. в 360 г.), Барах (упоминается в 381 г.), Афанасий (впоследствии митрополит Тирский), Олимпий (упоминается в 451 г.). В 1806 г. Ульрих Ясперс Зeeтцен описал исток Иордана, грот и скалу с нишами, скопировал некоторые греческие надписи и идентифицировал поселение как Кесария Филиппова. В 1810 г. Иоганн Людвиг Буркхард составил детальное описание места с зарисовкой пещеры и копиями греческих надписей. Он добавил, что руины, а также остатки древних стен и колонн (в том числе из серого гранита) с пьедесталами были найдены далеко на западе. В 1843 г. У.М. Томсон отметил, что вход в грот был заблокирован камнями, а некоторые архитектурные остатки лежали рядом. Потолок в гроте обрушился 1 января 1837 г., во время сильного землетрясения. Эдвард Робинсон посетил Кесарию Филиппову в 1838 и 1852 гг. и оставил подробное описание города и окрестностей. Он упомянул два моста над Нахаль-Хермоном, фортификации, южные ворота с арабской надписью и стену древнего города на юге от Нахаль-Саара. Фелисьен де Сольси опубликовал рисунок с двумя декоративными нишами и тексты надписей из святилища. В 1866 г. Клиффорд Уилсон отметил мост над Нахаль-Хермоном, который вёл к маленьким воротам в крепости (утрачены). Он же оставил очень ценные зарисовки римских стен, выложенных в технике opus reticulatum (утрачены). В. Герен не добавил ничего принципиально нового, кроме заметки о гроте, который был заполнен огромными камнями и навозом.