В ходе Иудейской войны Кесария Филиппова, в основном, оставалась в стороне от боевых действий. Император Веспасиан, войдя в Кесарию Филиппову, принёс жертвы в храме Августа. После окончательного подавления восстания император Тит провёл в Кесарии Филипповой некоторое время, устраивая гладиаторские бои, в которых погибло немало евреев. В 93 г. Кесария Филиппова перешла под прямое управление Рима в составе провинции Сирия Палестинская. Территория полиса была расширена на запад до Верхней Галилеи и границ Тира, на юг до озера Хула, на восток до границ Дамаска. На севере она включала долину Мардж-Аюн до Бургуза, а также Северные Голаны до Хадера и Эль-Кунейтры. Среди надписей I–III вв. из района Кесарии Филипповой наибольшее число составляют греческие. Лишь малая часть населения говорила на латыни. Исследователи встречают и несколько еврейских имён. История города во II–III вв. известна исследователям плохо. Евреи Кесарии Филипповой не принимали участия в восстании Бар-Кохбы и не пострадали от него. С конца I в. на монетах Кесарии Филипповой помимо Пана появилось изображение богини Тюхе на фоне храма с тетрастильным фасадом и так называемым сирийским фронтоном. На монетах второй половины II – начала III вв. внутри храма изображался также Зевс (Юпитер Гелиопольский). Выпускались монеты и с изображением Немесиды. Надписи из святилища Пана указывают на перестройку в 148–149 гг., выполненную жрецом Валерием Титианом, сыном Лисимаха. Существовал также финикийский культ бога Хадера («Вечно зелёный», «Вечно живущий»), который, как полагают исследователи, отождествлялся с Паном. В христианскую эпоху некоторые черты этого культа сохранены местными друзами, почитавшими св. Георгия или пророка Илию. Поздняя однонефная часовня близ Кесарии Филипповой, известная исследователям с XIX в., посвящена Хадеру. Исследователи полагают, что она возведена на месте ранневизантийской постройки. Христиане также почитали это место как могилу великомученика Георгия. У местных крестьян «нусарийе» до XX в. Хадер был главным божеством: «Христос, Мухаммед и все пророки». Исследователь Сирии и Ливана Pене Дюссо отмечает, что в искусстве христианской Европы Хадер неоднократно появлялся в виде «зелёного человека» в росписях церквей (в том числе в Кентербери). В Англии в образе полурастения и получеловека он представал в весенних праздниках в сельской местности. В Иерусалимском Талмуде, тесно связанном с Палестиной, различаются Кесария Приморская и Кесария Филиппова, которая находится на границе Израиля и в иудейской традиции называется удалённым поселением. Территория ниже её считалась Израилем, выше – Итуреей или Финикией. Рабби Иона от имени рабби Симеона бен Захарии перечисляет четыре вида продукции, которую иудеям запрещено выращивать в Кесарии Филипповой: грецкий орех, рис, кунжут и особый вид зерна (cowpea). В Вавилонском Талмуде, менее точном в географии Палестины, существовала проблема объединения территории Кесарии Филипповой и Дана. Под влияние этой традиции попал Иероним Стридонский (конец IV – V вв.), который никогда не посещал Кесарию Филиппову, пользовался еврейскими книгами и в своих сочинениях то объединял Дан и Кесарию Филиппову, то различал их.