Кесария Филиппова упоминается и в Новом Завете (Мф. 16:13; Мк. 8:27). Христос с учениками путешествовал здесь и спрашивал у учеников, кем Его почитают люди; здесь Он начал открывать ученикам предстоящие страдания. При этом дальнейший рассказ Евангелий посвящён описанию Преображения Господня (Мф. 17; Мк. 9:2). Сразу же после Преображения Христос спустился с горы и исцелил в округе Кесарии Филипповой мальчика, одержимого демонами, вероятно, эпилептика (Мф. 17:14–23; Мк. 9:14–30; Лк. 9:37–45). В древности эту болезнь связывали с воздействием Пана. В связи с этим у исследователей есть основание предполагать, что Преображение Господне (Мф. 17; Мк. 9:2) могло произойти на горе Ермон близ Кесарии Филипповой, а не на Фаворе. Евангелисты нигде не называют конкретное место Преображения, но логика их повествования, по мнению исследователей, указывает на события в регионе Кесарии Филипповой. Предположение об особой роли горы Ермон соотносится и с ветхозаветным преданием о том, что на ней была «лестница на небо» (1 Енох. 12–16). Моисей, явившийся апостолам во время Преображения, также на Ермоне просил у Бога разрешения войти в землю обетованную. При этом причины почитания горы Фавор как места Преображения остаются не вполне ясными. Впервые Фавор как место Преображения упомянул Иероним Стридонский в начале V в. в описании паломничества св. Павлы. Но ещё в 333 г. анонимный паломник из Бурдигалы считал, что Преображение произошло на Елеонской горе в Иерусалиме. В связи с присутствием в Кесарии Филипповой больших общин язычников и иудеев положение христиан здесь, скорее всего, как полагают исследователи, было очень сложным. Тем не менее, источники позволяют исследователям представить несколько важных событий в ранней истории христианства в Кесарии Филипповой. По традиции первым епископом Кесарии Филипповой считается св. Ераст из Коринфа, ученик св. апостола Павла (Рим. 16:24), который переехал в Палестину после ряда лет, проведённых в Греции, где он проповедовал. Епифаний Кипрский (конец IV в.) писал также о присутствии здесь секты эвионитов, которые покинули Иерусалим после его разрушения римлянами в 70 г. и поселились в Пелле. Основатель секты Эвион проповедовал в Азии и Риме, но, по Епифанию, «корни его тлетворных зёрен происходили, в основном, из Набатеи и Панеады…». Епифаний также косвенно упоминает о присутствии здесь секты елкезаитов (достоверность этих сведений исследователям оценить трудно). Воды источника в пещере Пана служили язычникам для предсказаний. Из рассказа епископа Евсевия Кесарийского (начало IV в.) исследователям известно, как в III в., во время языческого праздника, некая жертва (возможно, козёл) была брошена в озеро, исчезла в знак принятия её богами, но затем, после молитвы христианина Астерия, чудесным образом снова появилась, посрамив языческих жрецов. Астерий, почётный гражданин Кесарии Палестинской, был знаменит среди христиан Палестины в III в. Он совершил это чудо во время поездки в Кесарию Филиппову. Озеро, скорее всего, по мнению исследователей, находилось в пещере Пана. Иосиф Флавий описывал его как «безмерно глубокое». Жрецы Пана поклялись ему, что не создали его искусственно, а также уверяли его, что не устраивали чудес обманом. В настоящее время озеро исчезло (вероятно, источники переместились на другой участок).