На Шпайерском рейхстаге 1544 г. императору удалось вновь получить финансовую помощь немецких князей в войне с Францией после обещания выполнить требования протестантов: прекратить религиозные тяжбы и юридически признать равноправие лютеран и католиков; был оговорен характер соглашения, правда временного, – до созыва вселенского или национального Собора или до нового соглашения между представителями различных конфессий. На рейхстаге в Шпайере в июне 1544 г. Карл V заявил о намерении созвать общеимперский Собор. Папа Римский Павел III выразил недовольство действиями императора, написав ему, что без согласия Римской церкви такой Собор не будет иметь статус легитимного, и что соглашение с протестантами противозаконно. Жан Кальвин по этому поводу составил «Отеческое увещание римского понтифика Павла III, направленное непобедимейшему цезарю Карлу V, со схолиями» («Admonitio paterna Pauli III Romani pontificis ad invictissimum Caesarem Carolum V cum scholiis»), где оспорил исключительное право пап созывать Соборы. Жан Кальвин утверждал, что в случае отступления церковных иерархов от истины заботу о христианской церкви должна взять на себя светская власть, и в качестве одного из примеров приводил Констанцский собор (1414–1418 гг.). Папа решил не медлить с созывом Собора. 13 декабря 1545 г. в г. Тренто открылся Тридентский собор (1545–1563 гг.). Протестанты от участия в Соборе отказались, поскольку он был созван папой Римским, а не императором. Некоторые участники Собора опасались, что император будет влиять на принятие соборных решений, и позднее соборные заседания были перенесены в Болонью. В 1540 гг. Карлу V удалось приостановить распространение Реформации: велись переговоры с вождями Шмалькальденского союза (например, из-за скандала, связанного с двоебрачием (бигамией), Филиппу Гессенскому пришлось заключить с императором тайный договор (13 июня 1541 г.), который обязывал членов Шмалькальденского союза отказаться от договорённостей с Францией о помощи); в 1543 г. было оккупировано герцогство Гелдерн, унаследованное герцогом Вильгельмом Юлих-Клевским, и тем самым положен конец распространению протестантизма в его владениях; в 1546 г. отлучён от церкви, смещён с кафедры и в 1547 г. лишён курфюршества архиепископ Кёльнский Герман фон Вид, склонявшийся к лютеранству и покровительствовавший М. Буцеру (переход в лютеранство одного из трёх церковных курфюрстов изменил бы расстановку сил в коллегии, избиравшей императора, в пользу сторонников Реформации, поскольку к этому времени три светских курфюрста (Саксонский, Бранденбургский и Пфальцский) приняли протестантизм). В 1544–1545 гг. в условиях мира с Францией и при поддержке папы Павла III император, по мнению исследователей, счёл возможным вооружённое подавление протестантской оппозиции. На рейхстаге в Регенсбурге (1546 г.) Карл V объявил об имперской опале членов Шмалькальденского союза и в ультимативной форме потребовал его роспуска. Начавшаяся Шмалькальденская война (1546–1548 гг.) шла сначала неудачно для императора: протестантские князья обладали серьёзным военным потенциалом и сумели быстро подвести войска к театру военных действий; Карл V рисковал быть запертым со своими отрядами на Баварском плоскогорье превосходящими силами противника.