Осенью 1517 г. Карл прибыл в Испанию. Высокомерное поведение королевской свиты (многие придворные были фламандцами по происхождению) сразу настроило против Карла его новых подданных. После смерти архиепископа Хименеса де Сиснероса (8 ноября 1517 г.) Карл способствовал назначению Гильома де Круа, 19-летнего племянника своего фаворита Гийома де Круа де Шьевра, администратором Толедской архиепископской кафедры. В пользу фламандцев были сделаны и другие пожалования должностей и бенефициев. В феврале 1518 г. кортесы (сословно-представительные собрания) в Вальядолиде присягнули Карлу как королю Кастилии и выделили ему денежную субсидию. Одновременно ему были переданы петиции: от короля требовалось выучить кастельяно, не назначать больше на местные должности иностранцев, не допускать вывоза из страны драгоценных металлов и лошадей, а также уважительно относиться к королеве-матери. В странах Арагонской короны вступить в наследство оказалось сложнее, поскольку это нужно было делать в каждом из трёх королевств, в которых действовали собственные традиционные фуэро (привилегии), ограничивавшие власть монарха. Таким образом, процесс признания Карла полноправным правителем Кастилии, Арагона и подчинённых им государств затянулся на четыре года (не считая Валенсии, королём которой Карл станет только в 1528 г., дав клятву соблюдать фуэро этого королевства). Испанские государства впервые были объединены под властью одного государя. Даже после официального признания Карла королём Кастилии подданные, ссылаясь на древние традиции, настаивали на взаимности обязательств короля и королевства. Они апеллировали к «общему благу», которое следует защищать и от короля, если тот ведёт себя как тиран. Народ, чью волю выражают кортесы, имеет право сопротивляться тирану вплоть до замены его другим королём. Ставя выше интересов правящей династии интересы «всего королевства», от имени которого считали себя вправе говорить депутаты кортесов, они добивались ограничения власти монарха и претендовали на контроль над королевскими доходами, управлением государством и назначением на должности. Авторитарные методы управления страной, пренебрежение испанскими традициями и сохранившимися средневековыми привилегиями провинций, городов и корпораций (ремесленных, торговых и проч.), а также всевластие королевских фаворитов вызывали недовольство подданных Карла. К тому же Кастилия после значительных перемен и хрупкого равновесия, достигнутого при «католических королях», в начале XVI в. пережила политический кризис. К нему добавились эпидемии и неурожаи, особенно в центральных областях Кастилии, рост налогов. Недовольных было много во всех слоях населения – среди обедневших дворян, горожан; обострились противоречия между крестьянами и сеньорами. Все эти факторы вызвали сложное по составу и характеру социально-политическое движение, известное в отечественной историографии как восстание Комунерос (1520–1521 гг.), т.е. городских общин (comunidades), выступавших против политики Карла. Избрание Карла императором Священной Римской империи повлекло за собой огромные расходы на подкуп немецких курфюрстов; бремя этих трат он пытался возложить на Испанию.