Но вскоре императору удалось вернуть контроль над тирольскими горными перевалами, через которые прибыли подкрепления из Италии и Австрии, в том числе испанские контингенты. Осенью 1546 г. комбинированным ударом армии из Нидерландов и главных сил со стороны Ингольштадта и Дуная южный фронт протестантов был сломлен. Решающим оказался союз императора с герцогом Морицем Саксонским, который в начале ноября 1546 г. выступил против кузена Иоганна Фридриха, курфюрста Саксонского, одного из лидеров Шмалькальденского союза. Протестанты отступили; императору сдались крупные имперские города, включая Аугсбург и Нюрнберг. Весной 1547 г. боевые действия были перенесены в Саксонию. В сражении у Мюльберга (24 апреля 1547 г.) католическая армия императора во главе с Фернандо Альваресом де Толедо, герцогом Альбой, разбила войска протестантов. Курфюрст Иоганн Фридрих Саксонский был взят в плен и, согласно Виттенбергской капитуляции (19 мая 1547 г.), утратил титул курфюрста и большую часть владений; титул и земли перешли герцогу Морицу Саксонскому, союзнику Карла V. В июне 1547 г. императору сдался ландграф Филипп Гессенский; за сохранение его свободы поручился его зять, Мориц Саксонский, но Карл V поместил гессенского ландграфа в тюрьму. Карл V торопился закрепить достигнутый успех. На Аугсбургском рейхстаге в 1548 г. был провозглашён интерим (временное положение; официальное название документа – «Объяснение Его Императорского Величества, как в Священной империи должна поддерживаться религия до решения Вселенского Собора», т.е. до окончательного решения Тридентского собора). По Аугсбургскому интериму признавались заключённые к тому времени браки лютеранских священников, мирянам разрешалось причащаться под двумя видами (как хлебом, так и вином), однако на этом уступки лютеранам заканчивались. Протестантам надлежало признать первенство папы Римского, а также все семь таинств; толковать Святое Причастие как транссубстанциацию хлеба в Тело Христово; подчиняться юрисдикции католических епископов. Лютеранское учение об оправдании только верой отвергалось. Интерим был негативно встречен как католиками, так и протестантами. Папа Римский Павел III осудил его, считая уступки протестантам чрезмерными. Католические архиепископы Майнца и Кёльна в нарушение интерима запрещали лютеранам причащать мирян вином, а в Майнце браки священников были объявлены незаконными, дети от таких браков считались незаконнорожденными. Во многих протестантских городах и государствах Северной Германии (Гамбург, Любек, Бремен, Ганновер и др.) Аугсбургский интерим был отвергнут как властями, так и клиром и населением. Имперские сословия были недовольны тем, что Карл V одержал победу над Шмалькальденским союзом при помощи испанских солдат, тогда как использование иноземных войск нарушало выборную капитуляцию императора (1519 г.), а Аугсбургский интерим вёл к изменению сложившегося в империи соотношения сил между императором и сословиями в сторону усиления власти монарха.