Тем не менее, исследователи не сомневаются, что они принадлежат к одной линии развития (по мнению К. Морманн, различия во многом связаны с изменением стилистики текста). Ранние параллели к изменяемым частям Канона мессы исследователи находят в латинских арианских фрагментах IV–V вв. Важное значение имеет также свидетельство Иннокентия I о соотношении диптихов и Канона мессы. Многие исследователи предлагали свои реконструкции оригинального текста Канона мессы (их можно встретить практически в каждой работе о Канона мессы). До настоящего времени истоки римского Канона мессы являются предметом дискуссии в западной литургической науке. Судя по всему, уже раннесредневековые авторы не знали, откуда и как он появился. Исидор Севильский считал, что весь чин мессы установлен апостолом Петром (a sancto Petro est institutus; ср.: Канон мессы был известен православным, в том числе под названием Литургия апостола Петра). Однако, скорее всего, по мнению исследователей, это утверждение указывает лишь на римское происхождение или на максимальную авторитетность текста. Папа Вигилий (ум. в 555 г.) в послании епископу Браги Профутуру, которое считается первым свидетельством существования стабильного текста Канона мессы (semper eodem tenore), говорит о его апостольском происхождении (ex apostolica traditione suscepimus). Валафрид Страбон, занимавшийся поиском исторических оснований обрядов, совершаемых в церкви, отмечал, что ему не известно, кто составил Канон мессы. При этом он характеризовал Канон мессы как состоящий из отдельных частей (per partes compositus), что, по мнению исследователей, подразумевает возможность их разного происхождения. В ирландском «Миссале Стоу» (конец VIII – первая половина IX вв.) авторство Канона мессы приписывается папе Геласию I (ум. в 496 г.). Большинство учёных Нового времени называли автором Канона мессы или Геласия, или Григория I Великого, следуя во многом надписаниям в «Сакраментариях». Критические реконструкции ранней истории текста Канона мессы стали появляться только во второй половине XIX в. Так, Карл Йосия фон Бунзен полагал, что евхаристические молитвы Римской церкви уже при Льве I Великом отличались от молитв церквей Милана, Галлии и Испании. В Риме сохранялись молитвы эклектичные и краткие, характерные для периода конца III – IV вв., а в других церквах развивались молитвы иного типа – продолжительные и риторически украшенные. Главной причиной нарушения логики и отсутствия связей между отдельными частями Канона мессы К.Й. фон Бунзен считал включение в текст диптихов и связанных с ними текстов («Memento Domine», «Memento etiam» и «Nobis quoque»), прежде читавшихся диаконами. По мнению Фердинанда Пробста, радикальные изменения произошли в римском богослужении при Дамасе I, который решил составить полный круг изменяемых молитв для церковного года, сохранив неизменным только Канон мессы (за исключением префации, которая тоже стала изменяемой). П. Кажен сравнил римский Канон мессы с амвросианскими и галликанскими молитвами и пришёл к выводу, что все они имеют общий источник, различаясь лишь местоположением диптихов и ходатайственных прошений. Позже он скорректировал свою теорию, пытаясь вывести все западные евхаристические молитвы из той модели, которая представлена в «Апостольском предании».