В 1943 г. А.В. Костюк получил официальную регистрацию от оккупационных властей, открыл в Киеве храм во имя Всех святых. В 1944 г. был расстрелян по приговору советского военного трибунала за сотрудничество с оккупантами и антисоветскую пропаганду. Последняя группа его сторонников во главе с самозваной «монахиней» Михаилой Боровской (Любовью Янкиной) была раскрыта в 1952 г. Всего в 1943–1949 гг. состоялось более 20 судебных процессов по делам катакомбных общин, оказавшихся на контролировавшейся немцами территории и поддержавших немецкие власти. Активизация в военный период нелегальных религиозных групп, в том числе и на не оккупированной немцами территории, стала основанием для массовых репрессий против катакомбных общин. В мае 1944 г. глава НКГБ Всеволод Николаевич Меркулов внёс на рассмотрение главы НКВД Лаврентия Павловича Берии представление о выселении семей истинно православных христиан из Воронежской, Орловской и Рязанской областей (единственная массовая депортация в военный период по конфессиональному признаку). 7 июля того же года Л.П. Берия обратился к Иосифу Виссарионовичу Джугашвили (Сталину) с письмом «Об антисоветской сектантской организации», в котором обосновывал выселение сектантов тем, что они «вели паразитический образ жизни, не платили налогов, отказывались от выполнения обязательств и от службы, запрещали детям посещать школы; эти организации оказывают разлагающее влияние на колхозы». Л.П. Берия предлагал «участников организации вместе с членами их семей переселить в Омскую, Новосибирскую области, Алтайский и Красноярский края и под наблюдение НКВД СССР». На основании утверждённого И.В. Сталиным приказа НКВД-НКГБ СССР от 14 июля 1944 г. принудительному переселению подверглись 1673 «участника секты ИПХ» и члены их семей, в том числе: 1323 человека из Рязанской области, 274 – из Воронежской области и 76 человек – из Орловской области. По данным Виктора Николаевича Земскова, на спецпоселение были отправлены 1502 участника движения истинно православных христиан. Такая разница в цифрах объясняется тем, что из категории спецпоселенцев в семьях истинно православных христиан специальным указом были исключены дети до 16 лет. Большая часть спецпоселенцев была отправлена в Красноярский край, в Молотовскую (ныне Пермский край), Томскую и Тюменскую области; отдельные семьи попали в Казахстан, Иркутскую, Кемеровскую, Омскую, Новосибирскую области и Алтайский край. К 1953 г. на спецучёте находились 995 членов движения истинно православных христиан, из них 901 человек проживал на спецпоселении, два человека находились в розыске и 92 человека – в тюрьмах. Самая большая группа, около 500 активных участников истинно православных христиан (жители Рязанской области), была отправлена в Тюменскую область, в основном, в Ханты-Мансийский национальный округ (в Самаровский, Берёзовский и Микояновский районы). По решению окружного исполкома 261 ребёнок из семей сектантов был передан в детские дома. Ссыльные истинно православные христиане жили изолированными общинами, где обязанности священников в большинстве случаев выполняли чернички. Несмотря на тяжёлые условия жизни, ссыльные (в основном, малограмотные пожилые женщины) не принимали ничего от советской власти – «власти антихриста».