Настоятель храма священник Василий Михайлович Перминов заявлял в 1937 г. при регистрации прихода о своём подчинении архиепископу Серафиму (Самойловичу) и епископу Нектарию (Трезвинскому), что было интерпретировано местными властями как принадлежность к ИПЦ. В апреле 1943 г. священник В.М. Перминов был снят с регистрации и в конце того же года осуждён на десять лет исправительно-трудовых лагерей как «глава антисоветского формирования сторонников ликвидированной в 1937–1942 гг. ИПЦ». По этому делу было арестовано 12 прихожан его общины. В ноябре того же года в городе Ишиме был арестован один из авторитетнейших «непоминающих» архиереев епископ Афанасий (Сахаров). Он был обвинён в том, что являлся «одним из руководителей центра контрреволюционной монархической группы, так называемой “истинно православная церковь”». Его этапировали в Москву и сделали одним из главных фигурантов масштабного дела, по которому проходили тайные священнослужители Москвы и Московской области. Однако в ходе следствия, продолжавшегося до 1946 г., термин «ИПЦ» больше не употреблялся, подследственных обвиняли в причастности к «антисоветскому церковному подполью». Великая Отечественная война внесла изменения в деятельность нелегальных религиозных объединений. Большинство тайных православных общин в начале войны заняли патриотическую позицию, а позднее, с улучшением церковно-государственных отношений, вернулись в Московский патриархат. Так, например, епископ Афанасий (Сахаров), узнав в заключении об избрании поместным Собором РПЦ 31 января – 2 февраля 1945 г. Патриарха Московского и всея Руси Алексия I, признал его как законного первоиерарха РПЦ. Однако в других случаях неприятие советской власти нелегальными религиозными группами в военный период усилилось. Для многих истинно православных христиан начало войны стало подтверждением скорого падения «царства антихриста». Во время оккупации Украины, Белоруссии, части Центрального Черноземья и Северного Кавказа некоторые группы истинно православных христиан поддержали немецкие власти. Так, за победу в войне Германии молились действовавшие в Сумской области подгорновцы, или стефановцы. Это близкое к хлыстовству движение было основано иеромонахом Стефаном (Подгорным, ум. в 1914 г.). В 1920–1930 гг. его внук Василий Подгорный возглавлял около 20 групп «Благочинного совета общин подгорновцев». В оккупированном Киеве действовал лидер одного из ответвлений истинно православных христиан Александр Васильевич Костюк, бывший послушник Киево-Слупского Николаевского мужского монастыря. В 1925 г. он объявил себя «епископом Михаилом, викарием Киевской епархии» и «священноархимандритом Киево-Печерским», утверждая, что получил эти назначения от патриарха Тихона незадолго до его смерти. С 1930 гг. А.В. Костюк именовал себя «единым блюстителем Патриаршего престола», а затем «митрополитом всея Руси» и даже «патриархом». В начале оккупации Киева А.В. Костюк обосновался в одном из особняков в центре города. Обращался за признанием своего «архиерейства» к управлявшему Киевской епархией епископу Пантелеимону (Рудыку), но получил отказ; впоследствии пытался установить контакты с Берлинским архиепископом РПЦЗ Серафимом (Ляде).