В 2000 гг., с одной стороны, происходило постепенное уменьшение численности общин ИПЦ в России. Если в 2001 г. было зарегистрировано 65, то в 2006 г. – 43 общины. По состоянию на январь 2011 г. в Министерстве юстиции РФ были зарегистрированы 29 общины под условным названием ИПЦ, из них пять централизованных. Зарегистрированные в РФ «истинно православные» общины сосредоточены, главным образом, в Москве, в Санкт-Петербурге, в Нижегородской области и в Татарстане. С другой стороны, отмечалась быстрая маргинализация движения, его представители всё чаше обвинялись в противоправной деятельности. Экстремистскими по решениям суда в 2008 г. были признаны публикации журнала «Слово», издаваемого андреевской общиной в городе Олонец в Карелии. Экстремистская деятельность ряда групп является наиболее распространённой причиной отказа властей в регистрации общин. В частности, в Чебоксарах в 2004 г. решением суда было запрещено регистрировать андреевскую общину под руководством Д.Ю. Руцкого из-за экстремистского характера её деятельности. Особое положение среди групп ИПЦ и ИПХ занимают деструктивные секты радикально апокалиптического характера. В частности, причисляла себя к «истинно православному» движению нелегальная секта «Горний Иерусалим», основанная в 2006 г. жителем Бековского района Пензенской области П.И. Кузнецовым. Он объявил себя «истинно православным монахом Максимом». В октябре 2007 г. П.И. Кузнецов инициировал исход 35 членов секты в подземелья, где те ожидали конца света. В мае 2008 г. затворничество прекратилось, за это время две участницы секты скончались. Решением суда лидер секты признан невменяемым, а его сочинения объявлены экстремистской литературой. Органами принимались меры по пресечению противозаконных действий и других групп истинно православных христиан. В 2009 г. за нарушение законодательства решениями судов были сняты с регистрации «Пятигорская община архангела Михаила ИПХ» и «ИПЦ Казанской митрополии» (село Смолдиярово Лаишевского района Татарстана, руководитель «митрополит» Александр Миронов). Однако впоследствии эти группы были зарегистрированы под другими названиями. В 2010 г. по решению суда в юрисдикцию РПЦ вернулся храм Димитриевского мужского монастыря в селе Посёлки Кузнецкого района Пензенской области, при котором существовала «Поволжская митрополия ИПЦ» (руководитель Е.А. Киселёв, объявивший себя «митрополитом Тихоном»). При реализации данного решения сторонники ИПЦ оказывали сопротивление. Значительное количество общин, причисляющих себя к ИПЦ, действует на Украине. В 2010 г. там было зарегистрировано 32 подобные религиозные организации. Большинство из них относилось к трём отколовшимся от РПЦЗ группам во главе с епископами Агафангелом (Пашковским) в Одессе, Гермогеном (Дуниковым) в Чернигове и Алексием (Пергаменцевым) в Киеве. Общины, возглавляемые «митрополитом» Серафимом (Бонем), могут быть причислены к «истинно православным» только условно, т.к. относятся к традиции неканонической старостильной «Истинно Православной Церкви Греции», не имеющей ничего общего с историей истинно православных христиан в СССР. Также не имеют никакого отношения к истории катакомбного движения общины обновленческой «Украинской независимой истинно православной церкви», которую возглавил «митрополит» Андрей Трегуб. Кроме них ещё около десяти религиозных организаций ИПХ различных направлений на Украине были зарегистрированы как «независимые православные общины». В 2007 г. религиозная группа ИПЦ была впервые зарегистрирована в Молдавии. В 2010 г. в «ИПЦ Молдовы» насчитывалось уже пять общин во главе с бывшим иеромонахом РПЦЗ Антонием (Рудеем). В Латвии зарегистрирована и действует «Автономная ИПЦ Латвии» во главе с «епископом» Виктором Контузоровым. В Белоруссии попытки нескольких групп получить официальную регистрацию закончились безрезультатно. В Казахстане в 2008 г. также было отказано в регистрации действовавшей там общине ИПЦ, т.к. её деятельность по решению суда признали деструктивной.