В июне имперское правительство для более успешного ведения правовых дел Немецкой Евангелической Церкви учредило так называемую инстанцию для принятия решений, что означало вмешательство государства в правовые дела церкви. 16 июля вышел указ Гитлера об образовании Имперского церковного министерства во главе с Г. Керлем, советником юстиции и прусским министром, который наделялся полнотой власти над христианскими церквами. 24 сентября 1935 г. был принят закон о гарантиях Немецкой Евангелической Церкви, существенно ограничивающий свободу её деятельности, 8 октября на основании этого закона был организован Имперский комитет по делам евангелической церкви из восьми человек во главе с В. Цёльнером. Одновременно были учреждены земельные комитеты, обязанные контролировать все церковные дела. С помощью комитетов пытались объединить раздробленные церковные группы и направить их деятельность в русло национал-социалистической политики. Особо нетерпимо к создавшемуся положению относились представители радикального крыла Исповеднической церкви: в письме от 11 апреля 1936 г. члену Временного руководства евангелической церкви М. Альберцу Иммер отмечал, что вся церковная политика государства направлена на унификацию церкви, на то, чтобы церковь Иисуса Христа стала служительницей государства. Государство пытается «заткнуть рот» Исповеднической церкви, Иммер призывал не молчать; в противном случае это обернётся вредом для народа, государства и церкви. 29 марта 1936 г. выборы в рейхстаг сопровождались нарушениями свободы совести, люди боялись высказывать своё мнение; Иммер подчёркивал, что под лозунгами одобрения внешней политики Гитлера немцы проголосовали за продолжение внутренней политики насилия. Автор письма выступал против насаждения в молодёжных кругах расистского, языческого мировоззрения Розенберга, ответственного за идеологию нацистской партии. Иммер высказался также против политики Г. Керля, который, подобно Л. Мюллеру, пытался примирить учение Библии с учением «немецких христиан». Это письмо было отправлено уже новому, второму Временному руководству Немецкой Евангелической Церкви. В результате непрекращающихся разногласий среди первого руководства (конфессиональных и тактических) на четвёртом Исповедническом синоде 17–19 февраля 1936 г. в Бад-Энхаузене произошёл раскол Исповеднической церкви. Предметом спора стал вопрос о возможном сотрудничестве с новыми церковными инстанциями, с Г. Керлем и В. Цёльнером. Самыми последовательными в борьбе с нацизмом оставались члены Чрезвычайного пасторского союза во главе с М. Нимёллером (далемская группа). Противники компромиссов образовали 12 марта 1936 г. новое Временное руководство во главе с Ф. Мюллером из Далема. В его состав вошли О. Фрике, Г. Бём, Б. Форк, Альберц и Г. Гюнтер. В Совет Немецкой Евангелической Церкви, созданный для более тесных контактов с Братскими советами, вошли М. Нимёллер, Люккинг, Х. Клоппенбург, Асмуссен, Ф. Миддендорф, Р. фон Тадден и В. Детлов. Лютеранские епископы основали 18 марта 1936 г. в Лейпциге Совет Евангелическо-лютеранских церквей Германии, опиравшийся на лютеранские церкви Ганновера, Вюртемберга и Баварии. Эти церкви по-прежнему рассматривали возможность совместной работы с национал-социалистическим государством.