Многие члены церковной оппозиции долгое время пытались наладить контакты с новым руководством церкви: идейный вдохновитель Исповеднической церкви, теолог, профессор Боннского университета Карл Барт считал, что необходимо вести переговоры с Гитлером, минуя пронацистские церковные инстанции; он посылал фюреру статьи о христианстве, однако ответов не последовало, не было даже уведомлений об их получении. Церкви, в которых возобладали «немецкие христиане», получили название «разрушенные» (zerstörten) – церкви Пруссии, Гессена, Мекленбурга, Брауншвейга, Шлезвиг-Гольштейна и т.д. Церкви, сохранившие самостоятельность, назывались интактными (intakten) – в основном, это лютеранские церкви Вюртемберга, Баварии, Ганновера. Лютеранское большинство Евангелической церкви, признавая равенство всех людей перед Богом независимо от рас и сословий, одновременно настаивало на праве государства действовать по своему усмотрению, например, увольнять евреев с государственной службы. Колебались в этом вопросе до определённого времени и «младореформаторы», в частности, теолог В. Кюннет. Только теолог и пастор Дитрих Бонхёффер, казнённый в конце войны нацистами, ещё в апреле 1933 г. настаивал на недопустимости антисемитизма и на необходимости противодействовать государственной политике в этом вопросе. 6 сентября 1933 г. на собрании в Берлине Д. Бонхёффер и Ф. Хильдебрандт подчёркивали, что «арийский параграф» является ложным учением, разрушающим церковь. По отношению к церкви, которая принимает подобные решения, есть только одно средство – выход из неё. Большинство присутствовавших не поддержали столь радикальное предложение: считали, что необходимо дождаться Национального синода. На собрании выдвинули также предложение создать «еврейскую христианскую церковь». 11 сентября в Берлине 60 священников подписали «Заявление об образовании Чрезвычайной пасторской лиги» (Pfarrernotbund, Чрезвычайный пасторский союз). Пасторы обязывались служить согласно Священному Писанию и заветам Реформации, выступать против нарушения христианского вероисповедания, защищать тех, кого будут преследовать за веру, оказывать ненасильственное сопротивление проведению подобных законов. Союз возглавил Мартин Нимёллер, активным членом союза был его брат В. Нимёллер, после войны занимавшийся изучением деятельности Исповеднической церкви. По всей Германии «младореформаторам» был разослан циркуляр М. Нимёллера с настоятельной рекомендацией создавать союзы, подобные Чрезвычайному: сущность сопротивления «состоит в том, чтобы делать то, что велит совесть, то, что сегодня в наших силах». Чрезвычайный союз стал стержнем Исповеднической церкви и оставался им до конца Третьего рейха. Ситуация внутри Евангелической церкви осложнялась: 27 сентября 1933 г. на Национальном синоде, состоявшем преимущественно из «немецких христиан», Имперским епископом (рейхсепископом) был избран Людвиг Мюллер, земельный епископ Пруссии. Глава протестантской церкви представил состав нового Духовного министерства, в заявлении обозначил исключительное призвание церкви в Третьем рейхе, выразил доверие и полную поддержку новому государству и отметил, что церковно-политическая борьба закончена и начинается борьба за «душу народа».