Активно противодействовали мерам фашистского правительства и представители католические церкви, например, Мюнстерский епископ К.А. фон Гален. В сентябре 1941 г. Гитлер был вынужден приостановить «программу эвтаназии». В кругах Исповеднической церкви (впрочем, как и католических) было распространено убеждение, усиливающее их антифашистские позиции, что после войны начнутся гонения на церковь, и настанут времена, когда не позволят проповедовать. Евангелический пастор из Ахена в докладе «Вера раннего христианства – катакомбы» указывал, что первые христиане были в подобном же положении, как и поколение христиан в Германии 1930–1940 гг., что Римское государство имело органы власти, схожие с тайной государственной полицией, и что лишь стойкость в вере может спасти и сохранить христианство. До конца войны в Исповеднической церкви не было единства: помимо радикальной позиции далемцев и их сторонников существовала компромиссная позиция Майзера, Мараренса, Вурма и др. Характерна в этом смысле проповедь, составленная Исповеднической церковью и прочитанная в конце июня 1942 г. во всех церквах Вюртемберга. Проповедь была направлена против притеснения церквей властями, отстаивала свободу вероисповедания – «высшее благо для народа». Лидеры немецкого государства, подчёркивалось в проповеди, выступают «за кровавый путь. Они хотят заставить Евангелие замолчать. Они думают, что тем самым окажут услугу своему народу». Снова и снова арестовывают «святых посланников Иисуса», отмечалось в проповеди, слышатся угрозы, запрещают говорить, выносят смертные приговоры. «Но чем больше преследуется Церковь, тем она становится сильнее и победит». Подчёркивалось, что недопустимо нейтральное отношение ко Христу; нужно верить, и вера принесёт не только страдания, но и чудеса откровения, спасение души. В духе Барменской теологической декларации утверждалось, что «Бога нужно почитать больше, чем человека». Однако решительные антиправительственные заявления соседствовали в проповеди с уверениями в преданности государству и властям, хвалебные речи были обращены к родине и мужественным солдатам рейха, жертвовавшим на войне жизнями. По-прежнему оставались иллюзии относительно фюрера, призванного «решить все большие задачи», стоявшие перед страной. Деятельность Исповеднической церкви, её основополагающие документы способствовали в послевоенный период формированию основ новой Евангелической церкви Германии. М. Нимёллер, Дибелиус, Вурм стали разработчиками таких важных документов протестантской церкви, как Штутгартское («о признании вины», октябрь 1945 г.) и Дармштадтское («по еврейскому вопросу», 1948 г.) заявления, признававших ответственность протестантских церквей за преступления фашистского режима.