В «Большом комментарии на Псалтирь» он часто критикует язычников и иудеев и говорит об истинном богопознании, которое выражается в вере в Единого Бога в трёх Лицах. Каждое Лицо именуется Богом и Господом; вместе Они составляют нераздельную Троицу, в Которой одна сущность, одна сила и энергия. Интерпретируя слово «аллилуия», Исихий Иерусалимский упоминает о непроизносимом у иудеев божественном имени и излагает учение о непостижимости Божества. Непостижимый Бог Отец проявляет Себя в Сыне, Который равночестен и единосущен Отцу. Сын есть «лицо», т.e. проявление Отца. Сын есть храм Отца, и Отец – храм Сына. Христология Исихия Иерусалимского сильно зависит от учения Кирилла Александрийского, его гомилии имеют скрытую противонесторианскую направленность. Формулируя учение о Христе, Исихий Иерусалимский использует характерную для своего времени александрийскую схему; согласно Исихию Иерусалимскому, Христос есть «Воплощённое Слово». Бог проявил Себя «во плоти» или «с плотью». Исихий Иерусалимский предпочитает употреблять слово «воплощение» и избегает слова «вочеловечение», хотя и исповедует, что Бог стал человеком. Христос не простой человек, Он – Бог и человек одновременно, Единородный Сын и Господь, к Которому приложимы все апофатические свойства Божества: «непостижимый», «безмятежный, незыблемый», «недвижимый». Исихий Иерусалимский упрекал Феодора Мопсуестийского в том, что тот «держался пути иудейского нечестия» и утверждал, будто Христос есть «не Воплотившееся Слово..., но человек, через возвышение жизни и совершенство страданий соединённый с Богом Словом». Согласно Исихию Иерусалимскому, хотя Христос и пострадал плотью, а Его плоть – это плоть Бога, Его божество осталось бесстрастным. Исихий Иерусалимски особенно настаивает на этом в «Комментарии на Левит»: «Богом и человеком был Иисус Христос, Который воплотился ради нас, сохраняя бесстрастным (impassibilem) божество, Он предоставил страданиям (passionibus) только лишь человечество: таким образом, исполнением Его страданий, то есть умилостивления за нас, были не только страдания плоти (passae carnis), но много больше и бесстрастное божество (impassibilis divinitatis)». «Поскольку Бесстрастный спострадал нам, то перенёс страдания плоти... Страсти Христовы, через которые нам дано отпущение грехов, были страстями не какого-то простого человека, но Воплощённого Бога». В «Комментарии на Книгу Иова», говоря о тайне Воплощения, Исихий Иерусалимский избегает употребления слова «природа» и использует более архаичные и общие термины. Христос является посредником между Богом Отцом и человеком. Подобно всякому посреднику, которому для примирения недругов необходимо «воспринять лицо обоих», Христос «обладает формой человека и Бога». Здесь термины «лицо» и «форма» имеют смысл внешнего проявления природы, а не субъекта. В гомилиях Исихия Иерусалимского учение о Христе выражено почти без обращения к богословским терминам. В большей части проповедей, в которых упоминается о домостроительстве спасения, Исихий Иерусалимский приводит ряд антитез-парадоксов, описывающих тайну Воплощения и Искупления, чтобы подвести слушателей к вопросу о человечестве и божестве Христа.