При изъяснении любого фрагмента Священного Писания Исихий Иерусалимский старался приводить параллельные места как из Ветхого Завета, так и из Нового Завета. Целостное восприятие Библии представлялось ему необходимым условием для правильного понимания смысла Слова Божья. Принцип согласования характерен для всех экзегетических творений Исихия Иерусалимского. «Ветхий и Новый Завет, – говорит он, – сходны между собой, так как они целятся в одну и ту же цель, цель эта – духовная жизнь». Однако соответствие Нового Завета и Ветхого Завета не означает тождества между ними. Домостроительство спасения прекращает действие ветхого закона, освещает его в свете новой правды. Поэтому христианское чтение Библии не должно уподобляться иудейскому. Ветхий Завет имеет смысл и вне связи с Новым Заветом, однако этот смысл не может рассматриваться вне христианского учения и жизни, которые объясняют его, придавая ему подлинное значение. Поэтому Исихий Иерусалимский проводит чёткое различие между «буквой» (прямым, непосредственным, историческим смыслом) и «духом» (смыслом, отвлечённым от всего временного и преходящего, относящимся к концу времён): «Одно есть очертание тени, другое – действие истины. Одно есть образ, другое – то, на что образ указывает». Всё Писание богодухновенно, оно было создано Богом для того, чтобы как на крыльях вознести человека от земли на небо. Однако смысл Писания скрыт под покровом «буквы», образов и притч, язык которых нужно научиться понимать. Христианину нужно уметь «снимать кожуру буквы, чтобы обнаруживать плод духа». Так, например, проклятия в адрес иудеев, записанные в книге Левит (Лев. 26:22–41), исполнились «в чувственном и в духовном смысле». Пророчество Осии (Ос. 6:3) исполнилось «по букве», однако Исихий Иерусалимский признаёт необходимым искать его аллегорический смысл, т.к. и он может оказаться полезным для слушателей. Однако Исихий Иерусалимский избегает чрезмерной аллегоризации всего Писания и предпочитает использовать для толкования общие правила риторики и филологии, сообразуясь с жанром и формой речи библейских авторов. «Когда ты упражняешься в законе, – говорит он, – тогда проявляй рассудительность, ищи цели написанного: спрашивай, как возможно это, ради чего то, что хочет сказать буква закона, что предписывает дух пророчества, простое ли это слово, или в притчах выражается перо учения». Комментируя книгу Иова, Исихий Иерусалимский сообразуется с уровнем образования аудитории: прочитав библейский отрывок, он начинает объяснять его буквальный, исторический смысл. Если Исихий Иерусалимский находит в тексте какой-либо символ или место, которое трудно объяснить буквально, он прибегает к нахождению «духовного» и аллегорического смысла. Так, богатства Иова прикровенно указывают на его добродетели, левиафан – образ дьявола. «Таков обычай божественных Писаний – в местах и временах предлагать нам символы». Однако аллегория встречается в этом комментарии довольно редко, в толковании Книги Иова она играет второстепенную, вспомогательную роль. Основной метод толкования здесь – типологический: Иов представлен как прообраз невинно страдающего Христа; страдания Иова являются также моделью духовного подвига любого христианина.