Фрагмент написанной Исихием Иерусалимским «Церковной истории», которая цитируется в актах пятого Вселенского собора как пример критического отношения к христологии Феодора Мопсуестийского, говорит о вовлечённости Исихия Иерусалимского в антинесторианскую полемику на стороне Кирилла Александрийского. Свидетельство, содержащееся в «Уверениях» Маюмского епископа Иоанна Руфа позволяет исследователям предполагать, что Исихий Иерусалимский был ещё жив в преддверии четвёртого Вселенского собора. «Когда должен был состояться внеочередной Собор (четвёртый Вселенский), небо стало внезапно тёмным и было заполнено мглою и тёмными облаками, и был в Святом Граде, во всех окрестных деревнях и во многих местах Палестины дождь из камней..., были на них различные странные знаки, так что многие собрали там эти камни; но когда некоторые использовали их неразумно, ослепли. И говорили, что Исихий, ритор из Иерусалима, собрал их много и показал императрице Евдокии, и послал в Константинополь, как доказательство этого чуда, которое сообщало слепоту, имеющую поразить мир за отступление епископов». Какими бы ни были обстоятельства описанного чуда и его интерпретация в сообщении Иоанна Руфа, исследователи предполагают, что Исихий Иерусалимский был ещё жив в середине V в. Год смерти Исихия Иерусалимского исследователям точно не известен. Исследователи не исключают, что умер Исихий Иерусалимский после четвёртого Вселенского собора. Римский диакон Пелагий (впоследствии папа Римский Пелагий I) считал Исихия Иерусалимского противником этого Собора: «Известно, что того самого Евтихия в Иерусалиме он (Исихий Иерусалимский) охотно принял и написал книги против святого Халкидонского Собора и против послания блаженной памяти Льва, написанного к Флавиану, первосвященнику Константинопольскому». В 570 г. могилу Исихия Иерусалимского показывали возле Восточных ворот Иерусалима. На месте захоронения находилась часовня в его честь, в которой совершались богослужебные собрания. Там же бедным раздавали милостыню. Анонимный западный паломник отмечает: «Затем, когда мы вышли к большим воротам, мы направились к святому Исихию (ad sanctum Isicium), который телом (in corpore) лежит там же, где выдаётся бедным людям и паломникам хлеб». Эти собрания происходили 22 сентября, когда, согласно Палестино-грузинскому календарю, совершалась память Исихия Иерусалимского: «In Hesychii presbyteri aedificio, memoria eius». В VI–VII вв. в палестинских монашеских кругах Исихий Иерусалимский уже почитался как святой, именовался «блаженным» и даже «богословом». Иоанн Мосх в «Луге духовном» повествует о видении аввы Кириака из лавры Каламонской, связанном с чтением им книги Исихия Иерусалимского, в конце которой было помещено и сочинение Нестория. По мнению исследователей, этот эпизод свидетельствует, что в VI в. творения Исихия Иерусалимского были распространены в монашеской среде, а также косвенно о том, что Исихий Иерусалимский вёл полемику против несторианства. Греческий Синаксарь, помещённый в Месяцеслове императора Василия II, указывает память Исихия Иерусалимского под 28 марта.