При избрании и поставлении митрополита Феодосия (Бывальцева) особое значение придавалось общему волеизъявлению Ионы, великого князя и освященного Собора: святитель «обговорил... с великим князем», а также с епископами, «избрал и благословил» преемника «на своё место», дал на его имя благословенную грамоту, скреплённую подписью и печатью, и положил на престол в Успенском соборе (по некоторым источникам, тайно). Она была обнародована после его смерти, копии с неё были разосланы всем епископам с приглашением в Москву для поставления новоизбранного митрополита, которое было совершено Собором 3 мая 1461 г., менее чем через сорок дней после кончины Ионы (Русский феодальный архив, Полное собрание русских летописей, тома 4,5,6). По мнению исследователей, первоначально в Москве считали, что поставление без обращения в Константинополь станет более авторитетным, если новый митрополит будет указан его предшественником. Кроме того, благословение митрополита-предшественника могло иметь целью обеспечение преемства не столько персонального, сколько вероисповедного, а также предотвращение возможного появления в Москве претендента-униата. Порядок, существовавший в Москве, соответствовал  правилу 23 Антиохийского собора, которое предоставляет право выбора нового епископа «собору имеющих власть». Иона был похоронен в Успенском соборе Московского Кремля «за левым крылосом» (Полное собрание русских летописей, том 25). Сохранилась духовная грамота Ионы (Русский феодальный архив). Исследователи полагают, что она была составлена за несколько лет до кончины митрополита – около 1453–1454 гг. В духовной грамоте не упоминается завоевание Константинополя турками, о последнем императоре Византии Константине XI, погибшем во время штурма города в мае 1453 г., говорится как о недавно вступившем на престол. В пользу ранней датировки документа свидетельствует также благословение святителя, данное в конце грамоты Можайскому князю Ивану Андреевичу, который бежал в Литву в 1454 г., и Серпуховскому князю Василию Ярославичу, арестованному великим князем Василием II в 1456 г. Однако в конце грамоты Иона отмечает, что, сосчитав «лета своя, отнели в митрополиты поставлен бых», он обнаружил, что «третье на десять лето течёт». Если это не повторение фразы из духовной митрополита Киприана, взятой за основу для духовной Ионы, то исследователи сделали заключение, что духовная в окончательном виде составлялась незадолго до смерти святителя. В завещании объясняются причины избрания святителя Собором русских епископов в 1448 г.: воля великого князя Василия II, его матери и «благоверных князей рускых», вынужденность («за нужу, не токмо ради раздирания церковнаго и възничущих ересей, но и за долготу пути»), уклонение патриарха и императора в «мятеж» в связи с принятием Флорентийской унии, несогласие с «богомерьским учением окааного и злоименитаго Исидора». 29 мая 1472 г., во время работ по возведению в Москве нового Успенского собора, состоялось обретение нетленных мощей Ионы, от которых исходило благоухание. Вскоре от них произошло два исцеления: шестилетнего сына священника и Селивана Рязанца, имевшего «внутри болячку».