В 1450 или в 1451 г. Иона заложил в Московском Кремле каменную митрополичью резиденцию с церковью в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы. Основание храма исследователи относят к 1451 г. В этом году 2 июля, на праздник Положения ризы Пресвятой Богородицы, Иона находился в Кремле, когда город внезапно осадили войска татарского царевича Мазовши, в тот же день ушедшие из Москвы. После удачного сражения русских войск «со многими силами» хана Сеид-Ахмета в 1459 г. по благословению Ионы был возведён каменный придел Успенского собора Московского Кремля в честь Похвалы Пресвятой Богородицы. В январе 1456 г. Иона принимал участие в торжественном возвращении из Москвы в Смоленск Смоленской иконы Божьей Матери. По его настоянию один из списков чудотворной иконы, предназначенный великим князем Василием I для отправки с первообразом, был оставлен в Москве. В конце 1450 гг. на долю святителя, который был уже стар и болен («Русская историческая библиотека», том 6), выпали серьёзные испытания. В Риме было принято решение о разделении общерусской митрополии. 15 октября 1458 г. ученик Исидора, признаваемого на Западе общерусским митрополитом, Григорий был поставлен униатским Константинопольским патриархом Григорием III Маммой на Киевскую митрополичью кафедру. Несколько позднее Исидор передал Григорию свои «права» и на великорусскую часть митрополии. Папа Пий II просил короля Казимира IV не допускать «схизматика» Иону в своё государство и не позволять духовенству и народу повиноваться ему. Казимир IV оказал Григорию полную поддержку и сделал попытку добиться передачи в его юрисдикцию епархий Северо-Восточной Руси. Иона пытался противостоять Григорию: направил в Литву посольство во главе с игуменами Троице-Сергиева монастыря Вассианом и Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Кассианом. Посольство привезло окружное послание святителя с призывом сохранять православие и не принимать ставленника униатов (Русский феодальный архив). Для Ионы было особенно важно воздействовать на западнорусских епископов, некоторым иерархам были отправлены личные грамоты (Русский феодальный архив). В грамотах Ионы в Литву конца 1450 гг. было сформулировано положение о гибели Константинополя вследствие отступления от истинной веры. Видимо, у Московского митрополита были основания сомневаться в лояльности к нему новоизбранного Новгородского архиепископа Ионы, которому также было адресовано послание (Русский феодальный архив). Кульминацией усилий по сохранению единства митрополии стало проведение в декабре 1459 г. в Москве Собора, на котором епископы Северо-Восточной Руси подтвердили свою верность Ионе и отвергли Григория. В послании западнорусским архиереям («Русская историческая библиотека», том 6) Собор предусматривал новый порядок поставления митрополита в будущем: «...Митрополит поставлен будет по избранию Святого Духа, и по святым правилом святых апостол и святых отець, и по повелению господина нашего великого князя имярек, русскаго самодръжца» (Русский феодальный архив; «Русская историческая библиотека», том 6), что отражало возросшее после падения Византии значение волеизъявления Московского великого князя в вопросах поставления главы Русской церкви. Именно так были поставлены ближайшие преемники Ионы митрополиты Феодосий (1461–1464 гг.), Филипп I (1464–1473 гг.), Геронтий (1473–1489 гг.).