15 декабря 1448 г. по инициативе великого князя Василия II без санкции Константинополя Собором русских епископов и духовенства в Москве Иона был возведён в сан митрополита Киевского и всея Руси. Важнейшим основанием для поставления была необходимость прекращения вдовства митрополичьей кафедры, пагубно отражавшегося на состоянии церкви и на политических делах, при нежелании принимать поставление от Константинопольского патриарха-униата. В одном из посланий Иона писал: «...Не х кому было посылать: царь не таков, и ни патриарх не таков, иномудръствующу, к латином приближающуся» (Русский феодальный архив). Кроме того, приводя доводы, обосновывающие законность своего поставления русскими архиереями, Иона указывал на данное ему во время визита в Константинополь патриаршее благословение, а также на то, что его избрание состоялось «по думе» великого князя, «не хотением нашего смирения, но волею великого самодръжъства» (Русский феодальный архив). Более подробно он обосновал правомочность усвоения ему митрополичьего сана в грамоте к Киевскому князю Александру (Олельку) Владимировичу, где, в частности, указывал, что случаи поставления митрополитов на Руси бывали и раньше «русских господарей со цареградскими цари негладости ради» (Русский феодальный архив). Почти все указанные выше доводы содержатся также в духовной грамоте Ионы. При поставлении на митрополичью кафедру по отношению к Ионе, по мнению исследователей, была повторена епископская хиротония, о чём святитель пишет в духовной грамоте: «...Аз, смиренный, по святым правилом и за нужу... рукополагахся от боголюбивых епископов земли нашея митрополитом на Киев и на всю Русь». Ранее в завещании он сообщает о двух совершённых над ним рукоположениях: на Рязанскую епископию и на митрополичью кафедру (Русский феодальный архив). После поставления Ионы в митрополиты Русская церковь оказалась в состоянии фактической автокефалии. Однако в первые годы вопрос о каноническом утверждении этого статуса не стоял. В июле 1451 (или 1452) г. великий князь Василий II писал византийскому императору Константину XI Палеологу, что поставление Ионы совершилось «за великую нужду… а не кичением, ни дерзостию» и что митрополия всея Руси от Константинополя «благословения требует и ищет» (Русский феодальный архив). После 6 января 1454 г. Иона отправил патриарху Геннадию II Схоларию верительную грамоту с послом великого князя, прося «благословение от твоея великыя святыни». Грамота Ионы была ответом на послание и требование («приказ и писание») патриарха. После падения Византии в 1453 г. Иона считал своим долгом помогать греческим единоверцам: давал благословение на сбор греками пожертвований на всей территории митрополии как частным лицам, так и монастырям (Русский феодальный архив). Содействие великому князю Василию II в его борьбе с Д.Г. Шемякой оставалось одним из важнейших направлений деятельности Ионы в первые годы пребывания в сане митрополита. При заключении весной 1448 г. мира с Василием II Д.Г. Шемяка дал на себя «проклятые грамоты», предусматривавшие отлучение его от церкви, если он нарушит договор. Весной 1449 г. Галичский князь возобновил войну и тогда, по-видимому, был отлучён.