В походе на Галич, удельную столицу Д.Г. Шемяки, предпринятом Василием II весной 1449 г., великого князя сопровождали Иона и епископы. Иона неоднократно участвовал в переговорах с Великим Новгородом, поддерживавшим Галичского князя, обещая, что, если Д.Г. Шемяка покается, великий князь его «пожалует». В грамотах 1451–1453 гг. к Новгородскому архиепископу Евфими. II Вяжицкому и жителям Великого Новгорода содержалось требование не только отказать Д.Г. Шемяке в поддержке, но и с ним «ни ясти, ни пити», т.к. он «сам себе от христианства отлучил своим братоубийством, изменами своими» (Русский феодальный архив). В феврале 1458 г. в ответ на покаяние смертельно больного Новгородского архиерея в связи с его позицией по вопросу отлучения Д.Г. Шемяки Иона отправил ему со своим духовником Евмением прощальную грамоту. Д.Г. Шемяка пользовался большой поддержкой и на Вятке, куда святитель отправил три послания, в которых под угрозой отлучения призывал вятчан признать власть великого князя Василия II, а также не нарушать христианские заповеди (Русский феодальный архив). После бегства Можайского князя Ивана Андреевича, сторонника Д.Г. Шемяки, в Литву Иона предостерегал Смоленского епископа Мисаила от возможного содействия беглецу. В послании говорится, что митрополит дважды безуспешно просил Можайского князя послать рать против татар (Русский феодальный архив). После смерти Д.Г. Шемяки, отравленного в 1453 г. в Великом Новгороде по приказу Василия II, Иона запретил поминать Галичского князя на заупокойных службах. В литературе высказывалось мнение, что часть духовенства и мирян на Руси считали поставление Ионы неканоническим. Согласно свидетельству Иосифа Волоцкого, «Ионе митрополиту была брань с Пафнотием старцем: сказали Ионе, что Пафнутий его не велит звати митрополитом». Однако у исследователей есть основания считать, что Пафнутий Боровский был не согласен только с позицией Ионы в отношении Дмитрия Шемяки, который умер отлучённым от церкви, поэтому его не могли поминать на заупокойных службах. Встав во главе Русской церкви, Иона начал добиваться признания своей власти во всех областях общерусской митрополии. 31 января 1451 г. по решению короля Казимира IV Ягеллончика и рады Великого княжества Литовского Иона был признан митрополитом (Русский феодальный архив). 9 февраля 1451 г. датируется грамота Ионы протодиакону Михаилу на наместничество в Вильно, Новогрудке, Гродно и «по всем городом» («Русская историческая библиотека», том 6). Однако Иона был признан митрополитом только для епархий на территории Великого княжества Литовского. Из епархий в пределах Польского королевства была образована униатская Галицкая митрополия во главе с принявшим унию митрополитом Иоакимом. На эти епархии власть Ионы не распространилась, несмотря на его попытки добиться этого от короля Казимира IV («Русская историческая библиотека», том 6). Для решения важнейших церковных вопросов на литовских землях, требовавших участия Литовского великого князя, Иона отправлял посольства. Административная деятельность святителя в западнорусских епархиях отражена, в частности, в ставленой грамоте Смоленскому епископу Мисаилу (Пеструцкому), в грамотах митрополичьим наместникам (Русский феодальный архив).