В Константинополе добиться назначения Ионы на митрополичью кафедру не удалось: патриарх в 1436 г. уже поставил митрополитом Киевским и всея Руси Исидора. Великий князь Василий II в послании в Константинополь 1441/1443 г. выражал удивление в связи с таким решением патриарха: «Не вемы же убо, за какое дело нашего прошениа не прияли… того нам епископа Иону на митрополию не поставили, и тому есмы невмале подивились, что ради нашего посланиа, или свое высочайшее поставише, тако сотвориша» (Полное собрание русских летописей, том 6, том 20). В послании императору Константину XI, которое относится к июлю 1451 (или 1452) г., великий князь подчёркивал, что ещё «до его (Ионы) прихождения царь и патриярх поставиша… Исидора митрополитом» (Русский феодальный архив). То же самое утверждал Иона в грамоте, отправленной Киевскому князю Александру (Олельку) Владимировичу, очевидно, в первой половине 1450 г.: «Тогда мы вмале не успехом, а Исидора уже поставили на митрополью»; из этой же грамоты следует, что Иона вернулся на Русь вместе с митрополитом Исидором (Русский феодальный архив), который оказался в Москве 2 апреля 1437 г. (вероятно, Иона прибыл в Константинополь для поставления не позднее начала 1437 г.). Византийские власти, отказывая в просьбе о поставлении наречённого митрополита правителю такой крупной православной страны, какой была в то время Русь, нашли способ дать Ионе заверения общего характера. В посланиях, написанных вскоре после 1448 г., Иона сообщал о полученном им патриаршем благословении на митрополию в случае, если митрополит Исидор умрёт или «каково инаково о нем ся станет» (Русский феодальный архив). О том же обещании великий князь Василий II напоминал в послании императору Константину XI 1451/1452 г.: «...А что Божия воля о Сидоре произмыслит: или смертию скончается, или иначея что о нем будет, ино ты еси, Иона, по нем будеши митрополитом» («Русская историческая библиотека», том 6); в другой редакции послания: «И ты, Иона, епископ Рязанский, готов благословен на той великий престол» (Русский феодальный архив). В великокняжеских и митрополичьих посланиях рубежа 1440 и 1450 гг., после возведения Ионы на митрополичий стол Собором русских епископов, этот аргумент использовался в качестве обоснования самостоятельного, минуя Константинополь, поставления Ионы в митрополиты: «...Поминаа прежнее на нас повеление святого царя и благословение святого и вселенскаго патриарха и всего святого вселенского збора, и по думе господина сына моего великого князя имярек и его молодшие братие князей» (Русский феодальный архив). Великий князь Василий II сначала отказывался признать Исидора. Лишь настояния императорского посла, «покорение» самого Исидора, желание русских сохранить верность традиции заставили правителя принять нового митрополита в Москве, где он оставался всего лишь в течение пяти месяцев, отправившись 8 сентября 1437 г. в Италию. 6 июля 1439 г. во Флоренции была провозглашена уния православной и католической церквей под властью папы. Митрополит Исидор, один из самых активных её организаторов, был возведён папой в сан кардинала и получил звание апостолического легата для Литвы, Ливонии, Руси и подведомственных ему мест Польши. Исидор не спешил возвращаться в Москву, в феврале 1441 г. он ещё находился в Киеве.