Иона присутствовал на архиерейском Соборе, созванном после приезда Исидора в Москву 3 марта 1441 г., на котором Исидор был осуждён за принятие унии. Иона упоминается на Соборе не в качестве местоблюстителя престола, а как епископ Рязанский, на третьем месте в перечне архиереев – участников Собора. Это обстоятельство, а также кажущаяся противоречивость сведений, которые содержатся в источниках, освещающих события 1430 гг., дали основание ряду исследователей считать, что наречения Ионы на митрополию в 1430 гг. не было, и кандидатура Рязанского епископа на замещение митрополичьей кафедры появилась лишь во второй половине 1440 гг. Однако в настоящее время такую точку зрения исследователи считают полностью отвергнутой. В 1440 гг. Иона приложил много усилий для примирения враждующих сторон в ходе феодальной войны за московский великокняжеский стол. В 1446 г. Галичский князь Дмитрий Георгиевич Шемяка, занявший Москву, обратился к Ионе с предложением привезти из Мурома, входившего в состав Рязанской епархии, детей пленённого им великого князя Василия II. Согласно официальному летописанию, а также тверскому памятнику «Слово похвальное инока Фомы», Д.Г. Шемяка обещал, что дети соединятся с отцом, который будет освобождён и получит удел (Полное собрание русских летописей, том 25). По сведениям одних источников, Д.Г. Шемяка обещал поставить Иону на митрополичью кафедру (Полное собрание русских летописей, том 25, том 26), по сообщениям других – святитель уже тогда находился «на митрополиче дворе на Москве» (Полное собрание русских летописей, том 23). Иона, возможно, вместе с Коломенским епископом Варлаамом, отправился в Муром, где уговорил верных Василию II бояр передать ему «на епитрахиль» детей великого князя. Дети были переданы, но Д.Г. Шемяка нарушил договорённость, отправив их к отцу, находившемуся в заточении в Угличе. Иона сопровождал их туда, затем вернулся в Москву и «сел» на митрополичьем дворе (Исидор покинул Русь в 1441 г.). По некоторым данным, Д.Г. Шемяка хотел умертвить княжичей, но столкнулся с сопротивлением Ионы. Нежелание Д.Г. Шемяки выполнять договорённость вызвало недовольство не только митрополита и бояр, но и широких кругов духовенства: против Д.Г. Шемяки, в частности, выступил Макарий Унженский. Это сыграло определяющую роль в решении Д.Г. Шемяки отпустить великого князя Василия II из заключения и передать ему во владение Вологду. 15 сентября, после отречения от прав на великое княжение, Василий II и его дети были освобождены. После ряда побед, одержанных войсками сторонников Василия II над отрядами Д.Г. Шемяки, летом 1447 г. был заключён договор между Василием II и Д.Г. Шемякой, по которому тот окончательно отказался от посягательств на великокняжеский стол. Однако Д.Г. Шемяка условия договора не выполнял, в связи с чем 29 декабря 1447 г. архиерейский Собор, на котором присутствовал Иона, отправил Д.Г. Шемяке послание с призывом покориться великому князю Василию II. В послании обличались действия Д.Г. Шемяки (за ослепление Василия II он сравнивался с Каином и со Святополком). Кроме того, епископы угрожали ему отлучением от церкви, если он не прекратит враждовать с великим князем (Русский феодальный архив).