Ионе не удалось отстоять юрисдикцию над западнорусскими епархиями, но и Григорий не смог распространить свою власть на великорусские епископии. Твёрдая поддержка, оказанная Ионе в его объединительных усилиях великим князем Василием II, способствовала тому, что не только епископии во владениях московского правителя, но и Тверь, Рязань и Великий Новгород сохранили верность Московскому митрополиту. Исследователи полагают, что позиция Твери в течение некоторого времени оставалась неопределённой. Тверской епископ Моисей не принял участия в Соборе 1459 г., вскоре он был «сведён» с кафедры, а в Москве 22 марта 1461 г. Иона поставил Тверским епископом Геннадия (Кожина). Учительная архипастырская деятельность Ионы отмечена посланиями: в Новгород – о послушании новгородцев архиепископу и о «междоусобных спираниях», в Псков – с напоминанием о том, что псковичи всегда могут обращаться к митрополиту за разъяснениями по вопросам веры, к князю Юрию Семёновичу (Лугвеньевичу) – в связи со смертью жены (Русский феодальный архив). Иона был приверженцем общежительных принципов монашества; известно его послание в некий ставропигиальный монастырь о соблюдении общежительного устава (Русский феодальный архив). Святитель высоко ставил добродетели послушания и смирения как у мирян в отношении своего духовника, так и у иноков по отношению к игумену. Неких князей, захвативших удел, который по отцовскому завещанию должен был быть передан их матери, Иона укорял за непослушание (Русский феодальный архив). Полоцкого епископа Симеона порицал за гордость и отсутствие смирения («Русская историческая библиотека», том 6). Много внимания Иона уделял материальному положению митрополичьей кафедры. Сохранились документы, в которых отражены его попытки добиться права беспошлинной торговли митрополичьей «рухлядью» в Казани (Русский феодальный архив). Иона дал жалованные грамоты: Андрею Афанасьеву – на пустошь Голямовскую в Романовской волости Переяславского уезда, которая принадлежала митрополичьей кафедре, Покровскому на Богоне монастырю в Переяславском уезде, князю Дмитрию Ивановичу – на митрополичье село Кусуновское во Владимирском уезде, старцу Симону – на митрополичью соляную варницу в Нерехте (Акты феодального землевладения и хозяйства). Между 22 и 31 марта 1461 г., при жизни Ионы, в Москве по инициативе великого князя Василия II прошёл Собор, на котором был избран его преемник на митрополичьей кафедре – Ростовский архиепископ Феодосий (Бывальцев). В «Слове от святых писаний еже на латыню» (около 1461 г.) сообщается, что кандидатура преемника была указана самим Ионой. В историографии отмечалось, что подобное действие со стороны митрополита было нарушением канонической дисциплины, однако в Византии запрет на выбор преемника на кафедре соблюдался не слишком строго: случаи его нарушения встречались достаточно рано и могли быть известны на Руси; к середине XV в. для русской практики в этом не было ничего нового. Так, митрополит Феогност нарёк своим преемником Алексия, что не вызвало возражений у патриархии, как это следует из выданной в Константинополе настольной грамоты Алексию.