По мнению исследователей, незадолго до этого, в 1411 г., Иоанн «присла протопопа Тимофея в Псков на масленои неделе на попах подъезда брать; и псковичи не повелеша попом давати подъезда, ркуще сице: “Коли Бог даст, будет сам владыка во Пскове, тогда возмет подъезд свои чист, как пошло о прежних по старине”» (Псковские летописи). В 1413 г. Иоанн ездил в Псков, находился там две недели, до 6 августа, и уехал, благословив псковичей (Псковские летописи). Иоанн упоминается в новгородских грамотах 1405 г. Юрьеву (Грамоты Великого Новгорода и Пскова) и 1411 г. Колывани (ныне Таллинн; Грамоты Великого Новгорода и Пскова). Его печать есть на мировой грамоте купцов Ивана Кочерина и Иоганна Вреде 1411 г. (Грамоты Великого Новгорода и Пскова). Благословение Иоанна упоминается в данной и купчей грамоте Спасского Верендовского монастыря 1389–1391 гг. (Грамоты Великого Новгорода и Пскова). Иоанн упоминается в грамоте 1415–1417 гг. как участник продажи земли Хутынского монастыря «за Волоком» (в Подвинье; Грамоты Великого Новгорода и Пскова). У исследователей есть сведения о владениях Иоанна: осенью 1401 г. сгорел «владычень городок Молвотице» (Новгородская первая летопись), известна вотчина Иоанна на Вели (Полное собрание русских летописей, том 16), в 1414 г. в Деревяницком монастыре, который, по мнению исследователей, в то время был загородной резиденцией Новгородского архиепископа, сгорели «владычне хоромы». В 1413 г. Новгород посетил переодетый купцом бургундский рыцарь Жильбер де Ланнуа (Гильбер де Ланноа), который оставил обстоятельное достоверное описание города. Путешественник отметил, что «это свободный город, имеющий общинное управление», в то же время «епископ является как бы их государем (souverain)». Ко времени управления Иоанном Новгородской епархией исследователи относят устроение в Новгородской земле первых общежительных монастырей – пригородных Лисицкого (в 1393 г. в нём была построена церковь Пресвятой Богородицы), Ксенофонтова, Видогощинского (в 1402 г. там поставлена деревянная церковь Святой Троицы), Коневского в честь Рождества Пресвятой Богородицы (в 1398 г. в нём построена церковь Рождества Пресвятой Богородицы) и Спасо-Преображенского Валаамского, где общежительный устав был введён между 1389 и 1403 гг., Клопского Михайловского Веряжского во имя Святой Троицы (в 1412 г. в нём поставлена деревянная церковь Святой Троицы), Вяжищского во имя святителя Николая Чудотворца (в 1411 г. там построена деревянная церковь святителя Николая), Мостищского, Воскресенского на Красном поле, Саввина Вишерского, Никольского на Холопьем городке, Богоявленского на Водской дороге, Отенского, возникших как общежительные в 1410 гг. Кроме того, деревянная церковь святителя Николая была поставлена в 1412 г. на впадающей в озеро Ильмень реке Веряже «у мосту... в манастыре», а в 1407 г. Иоанн освятил каменную Спасо-Преображенскую церковь на Верёнде и основал там монастырь.