В 1407 г. в Новгород «милостиня ради» приезжал Трапезундский митрополит Феодул. В том же году новгородские власти, в том числе Иоанн, послали грамоту великому князю Витовту, прося у него в качестве служебного князя его брата Семёна (Лугвеня), хорошо проявившего себя как полководец в 1390–1392 гг. (занявший в 1389 г. новгородский стол князь Семён в 1392 г. уехал из Новгорода под давлением московского князя). Призыв Семёна (Лугвеня) на новгородский стол состоялся в условиях московско-литовского конфликта и был резко осуждён союзным Москве Псковом. О пролитовской ориентации новгородских властей в те годы свидетельствует сохранившаяся в немецком переводе грамота Новгорода Семёну (Лугвеню), составленная от лица Иоанна, посадника и тысяцкого, в которой новгородские власти просят князя срочно вернуться в Новгород в связи с осложнением отношений с Ливонским орденом, при этом заявляя, что «мы хотим действовать, советуясь с великим князем», т.е. с Витовтом (1411 г.?; Грамоты Великого Новгорода и Пскова). В 1412 г. Семён (Лугвень) окончательно покинул Новгород, и до 1432 г. литовских служебных князей в Новгороде не было. Новый митрополит Фотий, прибывший на Русь весной 1410 г., 29 августа того же года отправил послание Иоанну, духовенству и мирянам Новгорода (Русская историческая библиотека, том 6; Полное собрание русских летописей, том 42), в котором содержались предписания о воздержании от пьянства и пиров, особенно во время постов и до литургии, объявлялись незаконными невенчанные браки и четвёртые браки, за третий брак устанавливалась епитимия, запрещались «скверные словеса», слушание «басней» и обращение к «лихим» бабам, ростовщичество, особенно белого и чёрного духовенства, венчание девочек до 12 лет, совместные мужские и женские монастыри, судебные поединки («поле») и др. Поскольку митрополит не был ещё достаточно осведомлён о положении дел в епархиях, исследователи предполагают, что сведения, отразившиеся в послании, он получил из Новгорода, вероятно, от Иоанна. По мнению исследователей, тогда же послание с аналогичным содержанием было отправлено Фотием в Псков. К 1411–1416 гг., т.е. ко времени архиерейства Иоанна, исследователи относят ещё одно послание митрополита Фотия в Псков, посвящённое богослужебным вопросам. По мнению исследователей, одновременно с грамотой митрополита Фотия в Новгороде было получено послание византийского императора Мануила II Палеолога и Константинопольского патриарха Матфея I о поставлении Фотия митрополитом Киевским и всея Руси и о том, что Новгород должен признать за ним право на суд и получение пошлин (Полное собрание русских летописей, том 42). Зимой 1411/1412 гг. Иоанн в сопровождении главы чёрного духовенства Новгорода архимандрита Варлаама ездил к митрополиту в Москву.