Об этом поступке новгородцев было доведено до сведения Константинопольского патриарха Антония IV, который, как полагают исследователи, по просьбе митрополита Киприана, в 1390 г. прислал грамоту с призывом к новгородцам подчиниться суду митрополита (грамота известна исследователям по упоминанию в патриаршей грамоте 1393 г. в Новгород по тому же вопросу – Русская историческая библиотека, том 6). Патриаршее послание новгородцами было отвергнуто. Митрополит остановился при церкви Иоанна Предтечи на Чудинцевой улице, служил литургию в Софийском соборе (дважды) и в Никольском соборе на Ярославовом дворище. Во время визита Киприана велись переговоры о том, чтобы уничтожить грамоту, в которой новгородцы поклялись не принимать митрополичьего суда. Переговоры закончились для митрополита безрезультатно: несмотря на то что Киприан обещал «снять» с новгородцев данную ими клятву, они оставались непреклонны. В итоге первоиерарх покинул Новгород, имея на него «велико нелюбие». Согласно московской версии рассказа об этих событиях, в которой новгородцы резко осуждаются за неподчинение митрополиту, Киприан уехал, «не благословя их епископа и самех новогородцев» (Полное собрание русских летописей, том 15, том 18). В грамотах Константинопольского патриарха, написанных осенью 1393 г., где содержится изложение хода дела, сообщается о том, что митрополит, уезжая, «произнёс на вас (новгородцев) отлучение» (Русская историческая библиотека, том 6). При этом патриарх упрекал непокорную паству за неподчинение наложенному прещению: «Еще хуже и нелепее, что вы, священники, находясь в отлучении, крестите, священнодействуете, водружаете олтари, совершаете (церковные) собрания, праздники и торжества» (Русская историческая библиотека, том 6). Большинство историков (Александр Иванович Никитский, Евгений Евстигнеевич Голубинский, Виктор Николаевич Бернадский, Александр Степанович Хорошев) согласны в том, что новгородцы митрополитом Киприаном были отлучены от церкви. Однако, по мнению Сергея Алексеевича Фетищева, полного разрыва церковных отношений не было, т.к. 29 августа 1392 г. Киприан прислал «в епископью в Новгородскую, в Святую Софью» грамоту о неприкосновенности церковных судов и вотчин, где называл Иоанна своим «сыном» (Русская историческая библиотека, том 6). Но датировка грамоты митрополита Киприана 6900 (1392) г., по мнению исследователей, неточна – по их мнению, дата не дописана в части единиц, возможно, десятков (дата грамоты приведена в июльских книгах Великих Миней Четьих и в решениях Стоглавого Собора). Более точной датировкой грамоты исследователи считают 1395 г. В конфликте с новгородцами митрополит Киприан вновь обратился к авторитету Константинопольского патриарха, отправив в Константинополь своего апокрисиария Дмитрия Афинянина. Одновременно туда же выехала делегация из Новгорода.