В Константинополе новгородские послы говорили: «Не хотим судиться у митрополита, ни того, чтобы, когда он позовёт на суд нашего епископа, последний шёл (к нему), или чтобы митрополит приходил в Великий Новгород и судил один месяц, или кто-либо приносил ему жалобу, и митрополит посылал бы на суд своего человека». В противном случае новгородцы угрожали «сделаться латинянами» (Русская историческая библиотека, том 6; ср. принципиально иное изложение позиции новгородцев в пересказе грамоты, включённом в Новгородскую Карамзинскую летопись (вторая выборка): «Не хотим судитися у митрополита, но, егда повестит епископа нашего, да поидет, и егда придет митрополит в Великыи Новград, да судить единь месяць, и егда зазовет кто кого, да послеть судью своего митрополит судити его» – Полное собрание русских летописей, том 42). Патриарх, созвавший три Собора по данному вопросу, поддержал митрополита Киприана. В 1393/1394 г. апокрисиарий патриарха Вифлеемский архиепископ Михаил привёз в Новгород две патриаршие грамоты, написанные осенью 1393 г.: после приезда Дмитрия Афинянина и после встречи патриарха с новгородским посольством (Русская историческая библиотека, том 6). В грамотах подробно излагается ход конфликта, говорится об отлучении новгородцев митрополитом Киприаном. В первом послании, составленном в резких выражениях, есть обращение к Иоанну: «Ты, епископ, соединился с мирянами, вступил с ними в союз и прежде всего утвердил противозаконную клятву, не приносящую никакой пользы, кроме телесной, и то с нарушением божественных и священных канонов» (Русская историческая библиотека, том 6). Во второй грамоте патриарх подтвердил законность отлучения, наложенного на новгородцев митрополитом Киприаном. Исследователи подчёркивают, что инициаторами конфликта с митрополитом были новгородцы-миряне (это отмечено и в патриарших грамотах). Упорное нежелание новгородцев принять месячный суд митрополита объяснялось не в последнюю очередь тем обстоятельством, что доходы от церковного суда поступали в архиепископскую казну, которая в Новгородской республике играла роль государственной. Неподчинение новгородцев митрополиту Киприану, которого поддерживал Московский великий князь Василий I Дмитриевич, стало одной из причин военных столкновений Новгорода с Московским великим княжеством в конце зимы 1391/1392 г. и весной 1393 г. (другими причинами были вопросы о задолженности новгородцев в «чёрном боре» – общерусских выплатах в Орду, а также о «княжщинах» – доходах, положенных Василию I Дмитриевичу как новгородскому князю). В конце зимы 1391/1392 гг. великий князь послал московские войска на Торжок, где они «повоевали» новгородские волости. В ответ новгородцы взяли Устюг. 6 апреля 1393 г. новгородцы и новоторжцы, собравшись в Торжке на вече, убили боярина Максима, сторонника Московского великого князя.