По летописным данным, при Иоанне создавались монастыри и в Новгороде: святителя Николая на Людогощей (Легощей) и Чудинцевой улицах, «на скудельнице» (1390 г.), Успенский на Коломцах (в Колмове; 1392 г.), Спасский на Космодемьянской улице (1394 г.). Время архиерейства Иоанна исследователи характеризуют активным храмовым строительством. В 1390 г. Иоанн освятил каменную церковь равноапостольных Константина и Елены, деревянную церковь св. Афанасия у собора Святой Софии (обетную, построенную за один день во время эпидемии чумы, после чего мор прекратился «стоянием и владычним благословением» – Новгородская первая летопись), придел Покрова Пресвятой Богородицы в церкви св. Иакова на Яковлевой улице, устроенный после мироточения иконы Покрова Пресвятой Богородицы. В 1394 г. сгорели владычный двор и «маковица» собора Святой Софии, починенная по распоряжению Иоанна в следующем году. В 1408 г. по благословению Иоанна Софийский собор был покрыт свинцом, на нём устроена новая «маковица», покрытая золотом; в 1409 г. по распоряжению архиерея построили «теремець камен, идеже воду свящають на всякыи месяць, и пекленицю (пекарню) камену». В 1394 г. Иоанн освятил церковь великомученика Димитрия на Даньславле улице. В 1398 г. архиепископ «с попы и с клиросом Святеи Софеи» поставил и освятил церковь Воскресения Христова «на воротех», храм по повелению Иоанна был расписан в 1400 г. 1 октября 1399 г. освятил каменную церковь Покрова в Зверином монастыре, построенную новгородцами «пометом», т.е. на пожертвования (по данному случаю во владычной летописи приводится молитва Пресвятой Богородице об Иоанне). В том же году архиерей освятил каменную церковь во имя равноапостольных Константина и Елены на Яневой улице. В 1413 г. Иоанн в престольный праздник освятил каменную церковь в честь Собора архангела Гавриила на Хревковой улице (поставленную на средства воевод и воинов, участвовавших в походе на шведскую крепость Выборг). Большинство указанных церквей находились в Неревском конце или примыкали к нему, что заставляет исследователей предположить особую связь владыки, по крайней мере, в конце 1380 – 1390 гг., с боярскими кланами этой части Новгорода. При Иоанне были построены следующие каменные храмы, об освящении которых архиепископом в летописях не говорится: св. Симеона на Чудинцевой улице (1392 г.), Собора архангела Михаила (1395 г.) и Чуда архангела Михаила в Хонех (1407 г.) в Аркаже (Аркадиевском) в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре, Усекновения главы Иоанна Предтечи на Чудинцевой улице, св. Варвары на Черницыной улице, а также св. князей Бориса и Глеба в Русе (1403 г.), Рождества Иоанна Предтечи в Росткином монастыре, св. апостолов Петра и Павла в Кожевниках и св. Никиты в Плотницком конце (1406 г.), св. Власия на Волосовой улице (1407 г.), надвратная церковь во имя преподобного Варлаама Хутынского в Лисицком монастыре, св. Георгия и Благовещения в Русе (1410 г.), святителя Николая в Порхове (1412 г.), Зачатия Иоанна Предтечи на Десятине (1413 г.), св. Евфимия в Плотницком конце (1414 г.), а также придел трёх отроков в церкви св. Михаила на Прусской улице (1402 г.).