Представители францисканского ордена неоднократно пытались добиться официальной церковной канонизации Иоанна Дунса Скота. Первый канонизационный процесс был организован в Кёльне (1706–1707 гг.), за ним последовали процессы в городе Нола (1709–1711 и 1905–1906 гг.), в Генуе (1905–1906 гг.), в Риме (начат в 1918 г.), однако все они по различным причинам останавливались на разных стадиях и не привели к желаемому результату. Последний процесс канонизации, достигший римской стадии рассмотрения канонизационного дела, был прекращён в 1924 г. из-за отсутствия достоверного издания сочинений Иоанна Дунса Скота, поскольку это делало невозможным требующуюся для канонизации проверку его взглядов на предмет их согласия с церковным вероучением. Францисканцам было предложено подготовить такое издание и затем представить дело на повторное рассмотрение. Богословские заслуги Иоанн Дунса Скота были признаны папой Павлом VI (1963–1978 гг.) в выпущенном 14 июля 1966 г. по случаю 700-летия со дня рождения Иоанна Дунса Скота апостольском послании «Alma parens» («Питающая родительница»). Папа особо отметил, что Иоанн Дунс Скот был духовным преемником «древнего князя схоластики» Бонавентуры, развившим и усовершенствовавшим богословие «серафического учителя». В число важнейших богословских достижений Иоанна Дунса Скота, стяжавших ему неувядающую славу, по словам папы, входят учение о превосходстве любви над знанием, теория безусловного предопределения Христа, концепция Непорочного зачатия Девы Марии. В 1970 гг. был сделан важный шаг в деле прославления Иоанна Дунса Скота: Скотистская комиссия представила в Конгрегацию канонизации святых изданные тома его собрания сочинений и 4 мая 1972 г. получила заключение о признании их соответствующими учению церкви. 15 ноября 1980 г. в ходе пастырского визита в Германию папа Иоанн Павел II (1978–2005 гг.) посетил францисканскую церковь Кёльна; он первым из Римских пап совершил молитву у гробницы Иоанна Дунса Скота и произнёс проповедь, в которой назвал Иоанна Дунса Скота «башней веры, которая возвышается к небу». Визит папы способствовал активизации процесса прославления Иоанна Дунса Скота: в 1981 г. руководство францисканского ордена назначило двух представителей для подготовки требующихся документов и сбора свидетельств о почитании Иоанна Дунса Скота. Результаты их работы были обобщены в книге «Иоанн Дунс Скот – разыскания для прославления». В 1980 гг. канонизационное дело Иоанна Дунса Скота последовательно проходило все необходимые стадии процесса канонизации; 21 мая 1991 г. оно было представлено на заседании Конгрегации кардиналов, давшей положительное заключение о возможности канонизации. 6 июля 1991 г. был выпущен декрет Конгрегации канонизации святых «Qui docti fuerint» («Те, кто любили учёность»), в котором Иоанн Дунс Скот признавался заслуживающим канонизации в лике блаженных. 20 марта 1993 г. во время вечерни в соборе св. Петра в Риме папа Иоанн Павел II торжественно объявил о беатификации Иоанна Дунса Скота.