Именно в этот период скотистами были созданы обширные комментарии практически ко всем богословским сочинениям Иоанна Дунса Скота. После издания в 1639 г. Л. Уоддингом собрания сочинений Иоанна Дунса Скота в скотистской среде начинают издаваться различные «компендиумы» и «суммы», в которых фрагменты из сочинений Иоанна Дунса Скота располагались в соответствии с порядком вопросов «Суммы теологии» Фомы Аквинского или же согласно другой авторской схеме. Широкое распространение идей Иоанна Дунса Скота среди францисканцев в XIV–XV вв. привело к тому, что к XVI в. они стали известны практически во всех университетах, причём стали рассматриваться и использоваться уже не только францисканцами, но и многими богословами, принадлежавшими к другим орденам. Так, несомненное влияние учения Иоанна Дунса Скота о научном характере метафизики и о сущем как её предмете прослеживается в «Метафизических рассуждениях» Франсиско Суареса, который часто занимал в различных вопросах позицию, близкую к позиции Иоанна Дунса Скота; многие идеи Иоанна Дунса Скота встречаются и у других теологов «второй схоластики». По-видимому, именно через сочинения Ф. Суареса идеи Иоанна Дунса Скота стали известны видным представителям философии Нового времени: Рене Декарту, Готфриду Вильгельму Лейбницу, Христиану Вольфу. Если для Рене Декарта особую важность имели учение Иоанна Дунса Скота о воле (божественной и человеческой) и её свободе, а также о связи Бога и мира, то Г.В. Лейбница и Х. Вольфа интересовали его метафизические идеи, учение о бытии и сущем, об универсалиях и индивидах. Косвенное влияние некоторых концепций Иоанна Дунса Скота исследователи находят даже в сочинениях Иммануила Канта, однако в целом в XVIII–XIX вв. Иоанн Дунс Скот в философской среде был неизвестен и оставался интересным лишь для небольшого числа университетских францисканских теологов-традиционалистов, не желавших отказываться от схоластического метода в богословии. Интерес учёных, богословов и религиозных философов к наследию Иоанна Дунса Скота начал медленно пробуждаться в Европе в конце XIX в. в качестве реакции на возрождение томизма. В поисках богословской альтернативы стремительно распространявшейся томистской неосхоластике многие францисканские учёные обратились к исследованию трудов Иоанна Дунса Скота. В конце XIX – начале XX вв. появился ряд фундаментальных исследований, в которых учение Иоанна Дунса Скота представлялось как целостная и непротиворечивая система взглядов, а также опровергались обвинения в неправомыслии, выдвигавшиеся в его адрес в предшествующие века.