Ко времени Иоанна Дунса Скота учение о пресуществлении было закреплено в католической церкви постановлением четвёртого Латеранского собора (1215 г.), в соответствии с которым «божественной силой хлеб пресуществляется в Тело, а вино – в Кровь»; однако вопрос о способе пресуществления оставался предметом богословских споров. Наиболее распространённым среди схоластов было мнение, что термин «пресуществление» означает: сущность (субстанция) хлеба прелагается в сущность Тела, тогда как свойства (акциденции) хлеба сохраняются. В соответствии с учением Фомы Аквинского, которому возражал Иоанн Дунс Скот в данном вопросе, Тело Христово не может присутствовать в евхаристии в обычном физическом смысле, как прочие тела присутствуют в некоторых местах (localiter), поскольку локально оно находится на небе, а может присутствовать лишь «таинственно» (sacramentaliter), т.е. вследствие преложения в таинстве. Поэтому «пресуществление» означает изменение сущности хлеба и её замещение сущностью Тела Христова; при этом Тело Христово «возникает» (incipit esse de novo) на алтаре в результате того, что сущность хлеба таинственным образом превращается в сущность Тела. Согласно Фоме, только так можно объяснить реальное присутствие Христа в евхаристии. Иоанн Дунс Скот, напротив, отвергал необходимую взаимосвязь тезисов о реальном присутствии Христа и о пресуществлении. Собственное объяснение присутствия Тела Христова в евхаристии он строил на основании глубокого анализа аристотелевского понятия «место». Согласно Иоанну Дунсу Скоту, «быть в некоем месте» – это отношение, поэтому возможно удвоение этого отношения без удвоения вступающей в него субстанции. Таким образом, Бог может сделать так, что одно Тело Христово окажется присутствующим в двух или многих местах. Исходя из этой концепции, Иоанн Дунс Скот утверждал, что теория «пресуществления» не лучшим образом описывает присутствие Тела Христова в евхаристии, и предпочитал ей теорию «сосуществования» (coexistentia), в соответствии с которой Тело Христово, т.е. сущность тела, присутствует в том же самом месте, что и сущность хлеба. Эта теория, по словам Иоанна Дунса Скота, более проста и понятна и лучше согласуется со Священным Писанием. Однако, оговаривался он, поскольку учение о пресуществлении утверждено церковью, следует придерживаться именно его, подчиняясь церковному авторитету. Говоря о пресуществлении, Иоанн Дунс Скот понимал его как переход (transitio) одной субстанции в другую, не затрагивающий акциденций. Пресуществление есть божественное чудо, и может совершаться только Богом; при этом оно не противоречит ни Божественной природе, ни установленному миропорядку. В евхаристии, по утверждению Иоанна Дунса Скота, субстанция хлеба не перестаёт существовать вследствие полного уничтожения, но превращается в Тело Христово. По его мнению, после пресуществления акциденции хлеба остаются теми же самыми, а не получают новое бытие, как утверждал Фома Аквинский, они во всём тождественны свойствам хлеба и имеют такое же действие. Согласно Иоанну Дунсу Скоту, Тело Христово присутствует в евхаристии «реально» (realiter), а не образно (figurative).