В отношении любого нового учения, предлагаемого в области веры или нравственности, суждение церкви обладает высшим авторитетом, так что это учение должно приниматься или отвергаться в соответствии с решением церкви. По словам Иоанна Дунса Скота, христианин призван «хранить единство мистического Тела Христова и действовать на общую пользу других как членов Тела». Значительное внимание он уделял вопросу о первенстве Римского папы, следуя при его решении устоявшейся традиции католической церкви: папа есть «преемник (апостола) Петра, князь апостолов, имеющий такую же власть, как и Пётр». Папа, согласно Иоанну Дунсу Скоту, имеет власть преступать или изменять апостольские установления, однако лишь в той мере, в какой они являются установлением самих апостолов, а не отражают некий природный или божественный закон. Власть папы распространяется на всю церковь – как на Западную, так и на Восточную: «Господин папа имеет всеобщую юрисдикцию (iuridictionem universalem) по отношению ко всем (христианам)». Несколько раз в сочинениях Иоанна Дунса Скота встречается замечание, что греческая (т.е. православная) церковь согрешает, не желая согласовывать своё учение с учением «Церкви Петра», т.е. Римской церкви. Папе принадлежит высшая административная власть в отношении любого христианина: он может отлучать от церкви и воссоединять с ней; он обладает абсолютной властью отпускать грехи, дарованной Христом Петру, и потому только он вправе выпускать индульгенции. Однако Иоанн Дунс Скот склонен приписывать папе, скорее, административную, чем вероучительную власть: у него не встречается в явной форме учения о непогрешимости папы Римского в вопросах веры. Иоанн Дунс Скот предпочитал говорить о безошибочности «учения Церкви»: «Церковь не ошибается в том, что относится к вере и нравственности». Он одним из первых на латинском Западе предложил подробное учение о семи церковных таинствах, для каждого из таинств выделив его структурные составляющие: определение таинства и его значение, совершитель таинства, принимающие таинство, форма (тайносовершительные слова) и материя (видимая часть) таинства, результат таинства, необходимость и спасительность таинства. Таинства есть знаки постоянного Божественного присутствия в мире; они установлены самим Христом как Богом. Семь таинств, по мысли Иоанна Дунса Скота, соответствуют важнейшим этапам и потребностям земной жизни человека, дополняя её естественную сторону сверхъестественной и благодатной: «Крещение есть духовное рождение, Евхаристия – необходимое питание, Миропомазание – укрепление; Покаяние – восставление после падения; Елеосвящение – последнее приготовление; Брак – размножение согласно природному бытию; Священство – размножение согласно бытию благодатному». Для всех таинств, согласно Иоанну Дунсу Скоту, помимо их частных определений может быть дано одно общее: таинство есть «чувственно воспринимаемый знак, по божественному установлению действенно обозначающий благодать Божью или благодатное действие Божье, который установлен для спасения человека-странника».