Поскольку Тело Христово на небе и на алтаре, по учению Иоанна Дунса Скота, – это одно и то же тело, евхаристическое Тело обладает всеми свойствами, качествами и частями реально существующего Тела Христа. При этом Тело Христово не делится пространственно: хотя оно имеет соответствующие части, оно присутствует в каждой части пространства как целое. Таким образом, Тело присутствует как истинное тело, однако лишено собственного «размерного качества», т.е. не присутствует в своих реальных размерах. Вследствие особого способа присутствия Тело Христово недоступно для телесных чувств, которые видят лишь присутствующие в том же месте материальные акциденции хлеба, существующие в «размерном качестве» хлеба; однако разум способен видеть Тело Христа в евхаристии разумным зрением, отказавшись от соотнесения его с чувственным восприятием. В отличие от распространённого среди католических богословов мнения, закреплённого позже Тридентским собором (1562 г.), что в евхаристии Христос приносит через священников Свои Тело и Кровь Богу, таинственно повторяя крестную Жертву на Голгофе, Иоанн Дунс Скот полагал, что евхаристическая Жертва приносится не Христом, а церковью. Евхаристия не есть повторение крестной Жертвы, но её «представление» (repraesentatio), «воспоминание» (commemoratio) о Жертве, при котором Бог принимает совершающую евхаристию церковь в силу единожды принесённой Жертвы Христа, память о которой непрестанно актуально хранится в евхаристии. Учение о последних судьбах человека и мира достаточно слабо привлекало внимание Иоанна Дунса Скота; исключением здесь является лишь подробное рассмотрение им вопроса о загробной судьбе праведников, достойных вечного блаженства. Он принимал традиционное христианское мнение, что после смерти сам человек уже не может покаяться в совершённых им грехах; вместе с тем он разделял католическое учение о чистилище (purgatorium), в котором могут быть изглажены грехи, в которых человек покаялся на земле, но не успел принести за них надлежащего удовлетворения в виде добрых дел. Находящимся в чистилище помогает церковная и частная молитва, а также поминовение при совершении мессы. Нераскаявшиеся грешники, согласно Иоанну Дунсу Скоту, сразу же после смерти попадают в ад, где подвергаются наказанию, суть которого состоит в «лишённости разумной природы надлежащего блага». По утверждению Иоанна Дунса Скота, в аду существует четыре рода наказания (poena) и три рода «скорби» (tristitia), все связанные с различными аспектами лишённости блага. Адский огонь, как считал Иоанн Дунс Скот, следует понимать, скорее, в духовном, чем в телесном, смысле, поскольку при любом страдании мучается не само тело, но находящаяся в теле душа, которая может страдать и без тела. Мучения грешников в аду являются вечными, однако не вследствие того, что их вина заслуживает бесконечного наказания (так думал Фома Аквинский). По мысли Иоанна Дунса Скота, для того чтобы грех был адекватно наказан, за него не требуется наказывать вечно, но требуется лишь наказать в соответствии с конечной тяжестью греха.