«Благодать Божья», по разъяснению Иоанна Дунса Скота, означает здесь благодать, вселяющуюся в человеческую душу в результате принятия таинств; «благодатное действие Божье» относится к таинству евхаристии, поскольку в ней не просто душе даётся благодать, но человек соединяется со Христом. Наибольшее внимание исследователей привлекало утверждение Иоанна Дунса Скота о «действенности» таинства как знака, связанное со схоластической полемикой о том, каким образом таинства служат причиной получаемой в них благодати. Ко времени Иоанна Дунса Скота наибольшее влияние имели: мнение Бонавентуры, согласно которому принятие таинства имеет лишь акцидентальную причинность в отношении получения благодати: её дарование зависит от Бога, а не от таинства; мнение Фомы Аквинского, утверждавшего, что таинства являются инструментальными причинами для получения благодати, т.е. совершение таинств с необходимостью влечёт за собой дарование благодати. Иоанн Дунс Скот при решении этого вопроса занимал позицию, близкую к мнению Бонавентуры, и отвергал мнение Фомы, считая, что для причинения сверхъестественного результата необходима сверхъестественная причинность, тогда как все составляющие части таинства (совершитель, принимающий, форма и материя) тварны и потому не могут производить сверхъестественный результат, т.е. быть причиной благодати. Собственное решение Иоанна Дунса Скота основывается на идее «упорядоченной потенции» Бога: таинство не вынуждает Бога подавать благодать, но само зиждется на свободном решении Бога о том, что всякий раз, когда таинство будет должным образом совершено, Он подаст соответствующую этому благодать. Это божественное решение есть своего рода «договор» (pactio) между Богом и церковью, поэтому благодатный характер должным образом совершаемых таинств несомненен. По утверждению Иоанна Дунса Скота, существует два вида благодати, подаваемой в таинствах: «первая благодать» (gratia prima), благодаря которой человеку открывается возможность спасения, – эта благодать преподаётся в таинствах крещения и покаяния, и подаваемая в прочих таинствах «вторая благодать» (gratia secunda), увеличивающая духовные дары человека и его заслуги перед Богом. В трёх таинствах (крещении, миропомазании и священстве) помимо дарования благодати происходит также наложение на человека особой «печати» (character), которая есть «неповторимая... божественная форма, отпечатляемая Богом». Эта «печать» есть знак принадлежности человека к церкви Христовой; она уподобляет носящих её Христу и налагает определённые обязательства по отношению к Христу и к церкви. Согласно Иоанну Дунсу Скоту, расходящемуся с мнением Фомы Аквинского, «печать» есть постоянное отношение (relatio), пребывающее в воле человека, которое побуждает волю повиноваться Богу и тем самым обеспечивает получение волей божественной благодати. Если в целом в учении о таинствах Иоанн Дунс Скот следовал сложившейся церковной традиции и лишь систематизировал её, то в области учения о евхаристии он предложил ряд собственных концепций, связанных с вопросами о пресуществлении и способе присутствия Христа.